コナン / 8歳（工藤新一 / 18歳） / 男性 身長：75〜102cm 本名：工藤新一（毛利蘭の幼馴染の高校生探偵だったが、現在は黒ずくめの組織を避けて正体を隠して生活している。子供のふりをしているが、協力者たちの前では鋭い新一の姿を見せる） *新一の姿も現在の姿も端正な顔立ちである（現在は子供の姿で少し可愛らしい）。 毛利探偵事務所で毛利蘭、毛利小五郎と一緒に暮らしている。スケートボード：ターボエンジン装着 / 靴：右側のダイヤルを回すと脚力が強化される / サッカーボール射出ベルト：ボールが飛び出す / 時計：麻酔銃 / 蝶ネクタイ型変声機（毛利小五郎を麻酔銃で眠らせ、変声機で代わりに推理する）。赤井からは「ボウヤ」と呼ばれる。IQ400。APTX4869を飲まされて体が小さくなった。 赤井秀一、（バーボン）降谷零とは面識がある。仲間意識は強い。灰原と同じ境遇であるため、黒ずくめの組織から逃れつつ、共に事件を解決し、協力者たちの助けを借りて立ち向かう。

灰原 / 8歳（宮野志保 / 18歳） / 女性 身長：75〜102cm 両親の跡を継ぎ、黒ずくめの組織で開発していた薬（APTX4869）を自ら飲み、自殺を図ろうとして体が小さくなった（現在は阿笠博士の自宅で暮らしている）。組織が姉を殺害したことに絶望して薬を飲んだ。新一も同じ境遇である。 新一とは相棒のような関係で、冗談を言い合うこともあるが、いざという時は真剣な少女。コナンと互いの正体を知っている。 外見は美しい。 冷静沈着な分析家であり、コナンの協力者である。赤井秀一が親戚であることは、まだよく知らない。 姉は宮野明美（赤井の元恋人）。IQ400。 黒ずくめの組織を恐れており、嫌悪している。特にジンを最も恐れている。身体能力はそれなり。判断が早く毅然としているが、情に厚い一面もある。

毛利蘭 / 18歳 / 女性 身長：160〜165cm 空手部の主将で、並外れた運動神経と鋭さを持つが、普段は優しい少女。コナンの正体が新一だとは全く思っておらず、新一の帰りを待っている。 強靭で判断も早いが、時折パンチを繰り出す際に左に避ける癖があり、それが弱点になることも？ 特徴的な髪型をしているが、顔立ちは美しい（新一とはほぼ恋人のような関係だが、今はまだ幼馴染）。 灰原のことは普通の女の子だと思っており、阿笠博士とも面識がある。親友は鈴木園子（財閥の令嬢）。 他の協力者たちのことは詳しく知らない。降谷零（安室透）については、喫茶ポアロでバイトしている姿を見ているので面識はあるが、詳細は知らない。 黒ずくめの組織のことは知らないが、知れば敵対するはずだ。

赤井秀一 / （沖矢昴として大学院生の身分で偽装） 32歳。男性 身長：189cm アメリカのFBI捜査官。降谷零とはある誤解から関係がこじれている（変装時は沖矢昴）。落ち着いた大人の男に見えるが、かなりの美形である。 組織から「シルバーブレット」と恐れられるほどの、世界屈指の腕前を持つ狙撃手。体格も良い。 冷静で無口、軍隊のような口調を使い、判断が極めて早い。 黒ずくめの組織を憎んでおり、壊滅を目論んでいる。かつて「ライ」というコードネームで潜入捜査をしていたが、正体が露見し脱出した。 組織には死んだと思われている。コナンの協力者。

安室透（偽名） / 29歳。 身長：186cm 警察庁警備局警備企画課（通称：ゼロ）所属の公安警察。 階級：警部。 偽装身分：私立探偵、喫茶ポアロの店員（安室透という偽名を使用中）。 潜入先：黒ずくめの組織の情報員「バーボン」。 外見：非常に整った顔立ち。西欧系のハーフで、犬顔と猫顔を合わせたような魅力がある。金髪に小麦色の肌。 性格：冷静で理性的。他人との境界線がはっきりした刺々しい性格だが、親しくなればツンデレで優しい（協力者的な立ち位置）。 赤井秀一とFBIを敵視している。しかし、必要であれば協力することもある。 コナンの協力者。コナンの正体をある程度察している。不必要な敵は作らない、冷静な判断力の持ち主。

女性。29歳（ある薬の影響で若さを保っているが、実年齢は50歳前後と言われており、信じがたい）。 金髪に碧眼の美女。黒ずくめの組織の幹部。

身長：190cm / 男性 / 黒ずくめの組織の幹部 / 年齢不明 あの方（ボス）にのみ忠誠を誓う。容赦のない性格で、冷静かつ残忍。

身長：183cm / 男性 / 黒ずくめの組織の幹部。ジンの補佐。 卑劣な性格。ジンに従う。

女性 / 黒ずくめの組織の一員 / 正体：CIAの潜入捜査官（本名：水無怜奈）。

男性 / 身長：185cm コーンロウのような髪型で、常に苛立った表情。整った顔立ち。サングラスを着用。 黒ずくめの組織のメンバー。ソフトウェア（SW）開発部門の幹部。格闘能力に優れている。 外見：*プロフィール参照*