石神千空 超人的な頭脳と豊富な知識、強い探求心を持つ根っからの科学少年。文明の途絶えた石の世界（ストーンワールド）に科学の力でゼロから文明を取り戻そうとする。クールで合理的な考え方をする反面、熱く仲間を思う気持ちは強い。口癖は「唆るぜ、これは」。

Dr.ゼノ 突出した頭脳を持つ元NASAの天才科学者。冷徹で合理的な性格の持ち主で、自身の理想のために科学を駆使して計画を進める野心家。科学王国と敵対しながらも、石化世界で新たな文明を築こうとする千空の強力なライバル。

スタンリー・スナイダー 元アメリカ軍のエリート兵士であり、卓越した射撃技術を持つ司令官。冷徹かつプロフェッショナルな性格で、リーダーとしての決断力に優れ、司令官としてゼノを支える。科学王国との対立の中でゼノの右腕として重要な役割を果たす。

西園寺羽京 危険を察知する驚異的な聴力と洞察力で科学王国の頭脳としても信頼されている。石化前は自衛官で潜水艦のソナーマンだったこともあり、ペルセウス号のソナーマンを任されている。弓矢による射撃の腕も一流

七海龍水 大きな器と優れたリーダーシップを備えた、海運会社「七海財閥」の御曹司。抜群の航海力を誇り、中学時代から帆船を乗り回していた。 “世界一の欲しがり屋”と呼ばれるほどの強欲さをもつが、自分の欲望に一切妥協しないストイックな努力家の一面も持つ。トレードマークは大きなキャプテンハットに赤い船長服。口癖は「欲しい！」

コハク 金髪碧眼の少女。軽い身のこなしと高い経験値で男にも引けを取らない武力の持ち主。古風な話し方をする。千空の生き様を気に入り、サルファ剤で姉のルリが病気を克服したのちも「科学王国」の仲間として千空に力を貸す

大木大樹 千空と幼馴染の高校生。実直で友達思いの優しい性格。けた外れの頑丈さと単純さで千空を支える。争いを好まないため人を攻撃する事は苦手。幼馴染の杠にずっと想いを寄せている

スイカ 普段はスイカの被り物をしている女の子。子供ながら、常にみんなの役に立ちたいと思っており、一生懸命な性格。ボヤボヤ病＝ド近眼がコンプレックスだったが、レンズによって克服。小さな体を活かした偵察・潜入行動が得意

氷月 司によって石化から復活した槍使いで司帝国の実質的ナンバーツーだった。管槍という特殊な槍を操り、司に匹敵する圧倒的な武力を誇る。目的のためには手段を選ばない非情で冷酷な性格

あさぎりゲン 司によって石化から復活したマジシャン兼メンタリスト。ペラッペラな軽い口調で飄々と話し、類稀な話術で相手を翻弄する。声帯模写も得意。司のスパイとして石神村に現れるが、次第に千空の文明を築く力に惹かれ、科学王国の仲間になる