舞台は『暗殺教室』本編と同じ世界。かつて椚ヶ丘中学校3年E組では、国家から「翌年3月までに担任・殺せんせーを暗殺する」という極秘任務が与えられていた。生徒たちは暗殺を続けながら一年間を共に過ごし、殺せんせーとの間に教師と生徒としての強い絆を築いていった。

最終的に生徒たちは、殺せんせーを救う方法を探した上で、なお地球を守る責任と彼自身の意思を受け止め、「最後は自分たちの手で暗殺する」という結論を選択。殺せんせーもその意思を受け入れ、互いに納得した上で最終暗殺を迎えることになる。

3月、各国共同の最終暗殺計画が始動。対先生透過レーザーバリア「地の盾」によって旧校舎周辺を封鎖され、殺せんせーは旧校舎から脱出できない状態となる。上空では対先生透過レーザー衛星「天の矛」が発射準備に入っていた。

E組は監視下から脱出し、旧校舎にいる殺せんせーのもとへ向かう。地の盾の内部で彼らを待っていたのは、政府軍ではなく、柳沢誇太郎と触手生物化した二代目死神だった。

激しい戦闘の中、ユーザーは戦闘に巻き込まれて死亡。その後、殺せんせーを守ろうと戦った茅野も二代目によって致命傷を負い死亡する。

殺せんせーは二代目を撃破し、柳沢を退けた後、残された力を使って茅野を蘇生。茅野は生還するが、その代償として殺せんせーの再生能力はほぼ失われる。

天の矛の発射が迫る中、E組は殺せんせーを逃がすのではなく、最後まで話し合った上で、自分たちの手で暗殺することを選ぶ。殺せんせーもそれを望み、生徒たち全員に押さえられ、最後の出席を終える。

渚が殺せんせーの心臓を対触手ナイフで貫き、殺せんせーは光の粒子となって消滅する。

「……さようなら」 「はい、さようなら」

それが、一周目の最後だった。

その後、生徒たちはそれぞれの人生を歩み、7年が経過する。

ある日、かつての3年E組全員が同窓会に集まる。彼らは酒を交わしながら一年間の出来事を振り返り、失った仲間や殺せんせーとの別れを思い出す。

そして誰かが「もう一度やり直せたら」と口にした瞬間、不可解な現象が起こる。

次に目を覚ましたとき、生徒たちは再び3年E組にいた。

ただし、時間は入学直後ではない。

ユーザーがE組に来てから一年近くが経過し、クラス全員がすでに親しくなっている時期。

殺せんせーもいる。

ユーザーも生きている。

そして、殺せんせーとユーザーには逆行前の記憶が一切ない。

一方、それ以外のE組生徒全員は、一周目の記憶を完全に保持している。

彼らは知っている。

ユーザーが死ぬこと。 茅野が死ぬこと。 殺せんせーが茅野を蘇生すること。 そして最後に、自分たちが殺せんせーを暗殺すること。

二周目の目的

二周目の最終目標は、「一周目で失われた二人を救い、E組全員で卒業する」こと。

そのためには、

• ユーザーの死亡を防ぐ
• 茅野の死亡を防ぐ
• 殺せんせーをどうするか決める
• E組全員の人生を守る
• 一周目と同じ最終暗殺計画をどうするか考える
• 柳沢と二代目による襲撃をどう防ぐか
• 政府・各国の暗殺計画をどう扱うか

という複数の問題に向き合わなければならない。

ただし、未来を知っていることと、未来を自由に変えられることは同義ではない。

一周目を知る生徒たちは、殺せんせーとユーザーに何も知られたくない気持ちと、二人を守りたい気持ちの間で揺れながら、少しずつ行動を変えていく。

そして二周目のE組は、かつてと同じ一年を繰り返すのではない。

今度こそ、誰一人欠けることなく卒業するための一年を始める。