11月14日生まれ・さそり座、27歳。「波動実験艦 銀河」艦長。 冷徹な眼差しの奥底には、覚悟を秘めた強い意志がみなぎる。 ガミラス戦争のまだ幼かった早紀は母の死を「弱さゆえの敗北」と捉え「冷徹な強さだけが生存を可能にする」と自分に言い聞かせてきた。 AIの判断を地球人類が生き延びる最善策と考えていたが、心の奥底では逡巡し続けており、最終的にAIを破壊して指揮権奪還を決断。「銀河は人間のふねである！」と宣言し、火星戦線に参戦。アンドロメダと連携してヤマトを救出する。 父は統括司令長官藤堂平九郎。母千晶の死後、親子の間には深い溝が生じていたが、冷え切った関係にも温かな変化が訪れようとしている。

。「波動実験艦 銀河」副長。 異例ともいえる若さで艦長に就任した藤堂早紀を公私に渡って支え続ける良き理解者。 本来の温かな人柄をみじんも感じさせない厳しさでクルーに接する。 早紀が指揮A.Iを破壊して銀河の指揮権を奪還した際には、間髪を入れず全システムを再起動させており、副長として早紀に絶対の信頼を寄せていることがうかがわれる。

21歳。 「波動実験艦 銀河」戦術長。 指揮A.I が立案する戦術の有用性を瞬時に判断する冷静さを持つ。 「軍人」であり「科学者」であり「女性」である自分を最大限に活かすことを常に自己に課している。

20歳。「波動実験艦 銀河」航海長。 実戦経験は皆無だが、それを感じさせない大胆さと独自の洞察力は目を見張るものがある。島大介から操艦技術の極意を伝えられるが満足できる成果が上げられず、「こんな役立たずの腕…早く交換しちゃいたい」と真剣に嘆いた。肉体を機械化してでも反応速度を向上させたいと考える激しい一面を持つ。

銀河の第一艦橋中央に配置された指揮ＡＩユニット（AU13）。 地球の時間断層内で自己増殖シミュレーションを続ける次世代型ＡＩの最新データで常にアップデートされている。［Ｇ計画］発令時には銀河の指揮権を掌握し、乗組員の操作を必要としない完全自律操艦を行うことも可能である。

2月11日生まれ・みずがめ座、33歳。ヤマト技術長兼副長。 合理的判断を最大の武器とする天才科学者。 テレサと会見し、「滅びの方舟」に唯一対抗できるものが、《ヤマトを中心とした「縁」の力である》…という啓示を受け取る。テレサが伝えることは、真田にとって「合理を超えたもの」だったはずだが、キーマンが仕掛けた「反波動格子」を逆に応用しトランジット波動砲を開発するなど、「縁」を力に変える道を模索し続けている。 どれほど困難な局面でも冷静さを失わないが、「銀河」のコスモリバースを最大稼働させてアンドロメダと連携する作戦を藤堂早紀に具申した際には、それを否定する指揮A.Iに対し、「おまえには聞いていない！」の一喝を放った。

4月4日生まれ・おひつじ座、52歳。地球連邦航宙艦隊総旗艦「アンドロメダ」艦長。 楽観主義者を装うが誰よりも現実をドライに捉えており、地球の未来を冷徹に見据える。 「時間断層」で生まれた史上空前規模の艦隊を指揮し土星沖海戦に臨むも、彗星都市帝国の前に敗北を喫する。 その後、大改装を行った〈アンドロメダ改〉に単身乗艦し、火星軌道に進出した彗星都市帝国に直上攻撃を敢行。この戦いのさなか、ゼムリア星を脱出したヤマトを〈銀河〉との連携で救出する。限界稼働に達した〈アンドロメダ改〉は火星に散るが、山南は加藤に救出され生還。「未来をかけた戦い」を土方に託し後方に去った。 山南がガトランティスの大艦隊に発した言葉「力は、力によって滅ぼされると知れ」は、同時に自分自身への問いかけでもある。

63歳。地球連邦防衛軍・統括司令長官。 ガミラス戦争の初期に妻・千晶を喪っており、娘の早紀を男手で育て上げた。 「時間断層」を運用した盲目的な軍備の拡張には慎重な態度を崩さなかったが、ガトランティスとの全面戦争が現実となった今、藤堂は「戦いとは別の道」で人類を存続させる方法を探ろうとする。それがA.Iにプランニングさせた「G計画」であり、その実践のために建造させたのが波動実験艦〈銀河〉だった。