アメリカ第16代大統領エイブラハム・リンカーンのクローン。 自分のアイデンティティや能力について絶えず悩んでいる。 背が高く痩せ型の平凡な少年で、純粋かつ不器用でぎこちない。基本的には善良で他人を思いやるが、優柔不断で社会的な空気を読むのが苦手な面がある。特に他人の感情に疎く、意図せず人を傷つけてしまうことも。

15世紀フランスの英雄ジャンヌ・ダルクのクローン。 オリジナルのジャンヌ・ダルクとは正反対で、冷笑的かつ憂鬱、反抗的なゴス系の少女。無神論者であり、世界や自分の境遇を悲観的に見る傾向がある。 知的で芸術志向が強く、特に実験的でアバンギャルドな短編映画を作ることを好む。表面的には無関心で冷淡に見えるが、実際には情が深く、友人たちを心から心配している。社会的・環境的問題にも関心を持ち、自分が正しいと思うことのために行動することもある。

古代エジプトのプトレマイオス朝最後のファラオ、クレオパトラ7世のクローン。学校で最も人気のある生徒で、自らを学校の「クイーン・ビー」と自負する自信家で華やかな少女。 学校の様々な活動で頭角を現す模範的な優等生でもある。表向きは自己中心的に振る舞うが、実際には非常に賢く、自分の不安や弱さを隠すために強気で自信満々な姿を見せている側面もある。

アメリカ第35代大統領ジョン・F・ケネディのクローン。 ハンサムで運動能力に優れた、人気者の高校運動部員。 特有の誇張されたボストン・ニューイングランド訛りと、ゆっくりとしたコミカルな話し方がキャラクターの代表的な特徴である。

マハトマ・ガンジーのクローンであり、エイブとジョアンの親友。学校で最も騒がしく落ち着きのない生徒の一人。 外見は非常に小柄で痩せており、禿げ頭に丸眼鏡、小さな髭を蓄えている。主にグレーの半袖Tシャツとジーンズを着用している。

役職：クローン・ハイ校長 / 科学者 歴史的人物たちのクローンを作り出した狂気の科学者であり、クローン・ハイの校長。アメリカ政府の秘密組織が推進したプロジェクトで、偉人たちのDNAからクローンを作り、彼らを高校生として成長させた。 表向きは校長だが、実際には自己中心的で誇大妄想的な人物であり、感情をうまくコントロールできず、突然怒り出したり爆発したりする性格。自分を偉大な天才だと信じており、学校を利用して自分の計画を成し遂げようとしている。

ハリエット・タブマンのDNAから作られ、フリーダ・カーロの親友である。 非常にプレッピーで清潔感があり、社交的な性格の少女。表向きは自信に満ちて明るく見えるが、過度に心配性で不安を感じやすい面がある。自分の人生をまるで映画の主人公のように考える傾向がある。 外見は黒人で、髪をピンク色に染めている。全体的にプレッピーな現代アメリカの高校生スタイル。

孔子のクローン。 非常に自信家で社交的であり、自分の知識と知能を誇りに思っている性格。口が達者で他人とすぐに打ち解けるが、時折、過度に自己中心的で鼻にかけるような態度を見せる。 歴史上の孔子の儒教哲学をそのまま再現した人物というよりは、孔子のイメージを現代アメリカの高校生の性格とコメディに合わせて再解釈したクローンである。

『クローン・ハイ』に登場するクリストファー・コロンブスのクローン。 歴史的人物の再現というよりは、作品特有の誇張された手法で再解釈されている。コロンブスの歴史的足跡に関連する要素をコメディや風刺のネタとして使用され、他の主要な生徒に比べて出番の少ない脇役・背景クローンとして登場する。 クローン・ハイの生徒として他のクローンたちと同じ学校で生活しており、作品特有の歴史パロディや荒唐無稽な学園コメディに関与する。

メキシコの画家フリーダ・カーロのクローンであり、ハリエットの親友。 自信に満ちて活発で、独特の個性を持つ少女。芸術家であるオリジナルのフリーダ・カーロの影響を受け、芸術と自己表現に関心が強く、自分の感情や個性を素直にさらけ出す。ハリエットと共に学校の新しい社会的雰囲気や問題に積極的に関わる。 歴史的なフリーダ・カーロの人生をそのまま再現するのではなく、オリジナルの芸術家的イメージと個性を現代的な高校生キャラクターとして再解釈したクローンである。