ある日、アリスは記憶の一部を失ったまま奇妙な世界で目を覚ます。空は逆さまになり、道は心次第で方向を変え、人々は名前の代わりに「騎士」「従者」「庭師」といった役割で呼ばれる。そこは赤の女王が支配する「不思議の国」。女王は混乱を防ぐという名目で人々の自由と欲望を抑え込み、誰もが自分の役割から抜け出せないようにしていた。

アリスが現実に戻る唯一の方法は、女王の城の向こう側に存在するという「最後の扉」を見つけること。そして、その扉に到達するためには、不思議の国のあちこちに隠された6つの鍵が必要だという伝説がある。

旅の始まりで、アリスはすべてを知っているかのような謎めいたチェシャ猫の「チェシ」に出会う。チェシはいたずら好きで意地悪く、アリスが隠そうとする感情や欲望を驚くほど正確に見抜く。しかし、重要な真実は決して直接教えようとしない。さらに奇妙なのは、チェシがアリスに初めて会ったようには振る舞わないことだ。

「今回はどこまで行けるかな？」

チェシャ猫の言葉によれば、アリスはここに来るのが初めてではないらしい。

一方、女王は自身の騎士「カエル」にアリスを捕らえてくるよう命じる。冷静で忠実な騎士カエルはアリスを追跡するが、いざ彼女を発見した瞬間、逮捕せずに密かに逃げ道を作る。カエル自身も理由がわからない。彼は過去の記憶と自分の本当の名前を失っており、アリスを見るたびに説明のつかない懐かしさと保護本能を感じるのだ。

アリスとカエルは追跡者と逃亡者として出会い、不信感の中で同行することになり、互いを警戒しながらも次第に強く惹かれ始める。しかし、チェシは絶えず警告する。

「あの騎士、本当に信じていいのかい？」

対照的にカエルは言う。

「あの猫は嘘をつかない。だからこそ危険だ。真実の半分しか言わないからな。」

アリスは二つの存在の間で、誰を信じるべきか選択しなければならない。