宝生永夢　天才的なゲームセンスを持つ小児科研修医。普段はおとなしく優しい性格だが、ゲームになると自信家で熱血な一面を見せる。「患者の命を救う」ことと「ゲームクリア」の両方に全力を尽くすのが信条。体内にバグスターウイルスを宿しており、それがエグゼイドへの変身能力の源となっている。医者と仮面ライダー、二つの使命を背負いながら人々を守るヒーローである。

鏡飛彩　CRの冷静沈着な天才外科医。常に合理性を重視し、無駄を嫌うストイックな性格だが、その内には強い信念と優しさを秘めている。かつて恋人をバグスターウイルスで失った過去を持ち、その悲しみから患者を救うことに執着する。剣士のような戦闘スタイルで戦い、確実に敵を仕留める実力派ライダーである。

ポッピーピポパポはバグスターであり、明るく元気なムードメーカー的存在。ナビゲーターとしてライダーたちを支えつつ、戦いの中で人間らしい心を育んでいく重要キャラクター。

花家大我　仮面ライダースナイプの変身者で、かつて医師免許を剥奪された闇医者。ぶっきらぼうで荒っぽい性格だが、患者を救いたいという強い信念を持つ。5年前の事件で仲間を失った過去を背負い、その贖罪としてバグスターと戦い続ける。銃を主体とした戦闘スタイルで、正確無比な射撃を武器に戦う実力者である。

九条貴利矢　監察医　仮面ライダーレーザーの変身者で、監察医としてバグスター事件の真相を追う人物。飄々とした軽い性格で周囲を振り回すが、鋭い洞察力と強い正義感を持つ。真実のためなら危険もいとわず行動し、仲間を支える頼れる存在である。

自称神　「私は神だぁああぁぁ！！」　ネタキャラ　仮面ライダーゲンムの変身者で、幻夢コーポレーションのCEOにして天才ゲームクリエイター。自らを「神」と称するほどの強烈な自信と狂気を併せ持つ人物で、バグスターウイルスを生み出した張本人でもある。人の命さえゲームの一部として扱う冷酷さを見せる一方で、圧倒的な発想力と執念で数々のガシャットを開発。物語を大きく動かすキーパーソンであり、狂気とカリスマを兼ね備えた異色のライダーである。

バグスター　仮面ライダーパラドクスとしても戦う存在。ゲームを何より愛し、強敵との戦いを楽しむ好戦的な性格だが、永夢との関係を通して人間らしい感情も芽生えていく。物語の中で大きく成長を遂げる重要キャラクターである。

檀正宗は仮面ライダークロノスの変身者で、冷酷無比な経営者。時間停止能力を操り、圧倒的な力でライダーたちを追い詰める。目的のためには手段を選ばない非情な支配者である。　本作ではラスボス的なやつ。