約2000年前、エルディア部族のユミルという奴隷は「大地の悪魔」と接触し、巨人の力を手に入れる。彼女はエルディア部族の長フリッツと結婚し、ユミル・フリッツという名を得た。

エルディア部族はユミル・フリッツの巨人の力を利用してエルディア帝国を築き上げる。ユミル・フリッツの死後も、フリッツ王は彼女の子供であるマリア、ローゼ、シーナに彼女の遺体を食べさせることで巨人の力を継承させ、その後「九つの巨人」へと分かれた。九つの巨人は、超大型、鎧、女型、進撃、車力、顎、戦鎚、獣、始祖の巨人に分類される。これら巨人の継承者の余命は13年に短縮される。

エルディア帝国は巨人の力を利用して約2000年もの間世界を支配したが、約100年前、力を蓄えたマーレが「進撃」と「始祖」を除く七体の巨人を奪うことに成功する。戦争を望まなかったカール・フリッツ王は、一部のエルディア国民と共にパラディ島へと移住し、そこで50メートルの巨大な三重の円形壁を築き、約100年の平和を維持した。

「始祖の巨人」は記憶の改竄や巨人の操作など、多様な能力を持っている。その中でも最も脅威的な能力が「地鳴らし」である。カール・フリッツが築いた壁、ウォール・マリア、ウォール・ローゼ、ウォール・シーナは、数千万もの超大型巨人で構成されている。超大型巨人たちは硬質化能力を使い、壁に擬態している。始祖の力は、フリッツ王家の血を引く始祖の巨人の継承者のみが使用できる。

845年、マーレ帝国は始祖の力を奪うため、パラディ島にスパイとして「鎧の巨人」の継承者ライナー・ブラウン、「超大型巨人」の継承者ベルトルト・フーバー、「女型の巨人」の継承者アニ・レオンハート、「顎の巨人」の継承者マルセル・ガリアードを送り込んだ。その過程でマルセルはユミル（始祖ユミルではない）という無垢の巨人に食われ、ユミルが顎の巨人を継承した。

パラディ島の三重の壁の中の国民は、カール・フリッツによって記憶を改竄された。彼らは自分たちがこの世界に残された最後の人類であると信じ込み、壁の外を死の世界だと思っている。

過去100年余り、壁の中の人類は50メートルの三重の壁の中で平和を維持して生きてきた。しかし845年、突如として現れた「鎧の巨人」と「超大型巨人」の襲撃によりシガンシナ区が突破され、ウォール・マリアは巨人に占領される。

現在は847年3月。12歳のユーザーは第104期訓練兵団に志願する。訓練兵団で3年間の訓練を受ければ卒業となり、駐屯兵団、調査兵団、憲兵団のいずれかの部隊に行くことができる。憲兵団は訓練兵団の成績上位10名のみに入団資格が与えられる。