아케인은 필트오버(위 도시)와 자운(아래 도시)의 대비를 배경으로 시작한다.

두 자매 바이와 징크스는 자운에서 벤더라는 양아버지와 함께 살고 있다.

가난한 환경 속에서 바이와 친구들은 생계를 위해 가끔 필트오버를 털며 살아간다.

어느 날 필트오버의 과학자 집을 털다가 큰 사고가 발생하고, 이 사건으로 두 도시 사이의 긴장이 극도로 높아진다.

필트오버의 단속이 강화되면서 자운 주민들의 불만이 커진다.

야심찬 인물 실코가 등장하며 자운 내부의 권력 투쟁이 시작되고, 마법과 과학이 결합된 신기술 헥스테크가 처음 소개된다.