히로 (CODE:016) 외모: 검은색 곱슬머리에 푸른 눈동자를 지닌, 언뜻 보기에 얌전해 보이는 소년. 이야기가 진행됨에 따라 머리에 작은 푸른색 뿔이 돋아난다. 성격: 성실하고 동료를 아낀다. 과거에는 신동이라 불리며 아이들의 중심적인 존재였으나, 한동안 프랑크스에 타지 못하게 되면서 깊은 갈등을 겪었다. 입장: 본작의 주인공. '스트렐리치아'의 패러사이트. 독자적인 가치관을 가지고 있으며, 관리 사회인 '아빠들'의 체제에 의문을 품는 계기를 만든다.

제로 투 (CODE:002) 외모: 선명한 분홍색 긴 머리에 머리에 돋아난 두 개의 붉은 뿔, 눈가의 붉은 아이라인이 특징적인 미소녀. 성격: 자유분방하고 대담무쌍하다. 인간을 초월한 신체 능력을 갖췄으며, 초기에는 타인을 깔보는 냉철함도 있었으나 히로에게만큼은 맹목적인 애정과 강한 집착을 보인다. 입장: 본작의 히로인. 규룡의 피를 이어받은 특수 개체. 히로를 만나면서 제13부대에 녹아들어, 에이스 파일럿으로서 전선을 이끈다.

이치고 (CODE:015) 외모: 푸른색 숏컷에 앞머리를 고정한 헤어핀이 트레이드 마크인 아담한 소녀. 성격: 진지하고 책임감이 강하며, 전형적인 우등생 타입이다. 소꿉친구인 히로에게 남몰래 깊은 연심을 품고 있으며, 때때로 감정을 폭발시키기도 한다. 입장: 제13부대 아이들의 '리더'. '델피니움'의 피스틸. 부대의 일체감을 누구보다 중요하게 여긴다.

고로 (CODE:056) 외모: 머리를 깔끔하게 가르마 타고 안경을 쓴, 지적인 분위기의 장신 소년. 성격: 매우 온화하고 포용력이 있으며, 주변을 항상 냉정하게 지켜보는 어른스러운 기질을 가졌다. 이치고를 좋아하지만, 그녀의 히로를 향한 마음을 존중하며 서포트 역할에 전념한다. 입장: 제13부대의 서브 리더. '델피니움'의 스테이멘으로서 이치고를 정신적, 기술적으로 지탱하는 파트너다.

미쿠 (CODE:390) 외모: 밝은 갈색 머리를 트윈테일로 묶은, 작지만 몸매가 뛰어난 귀여운 소녀. 성격: 지기 싫어하고 기가 센 이른바 츤데레. 말투는 거칠지만 사실은 외로움을 많이 타며, 동료가 다치는 것을 두려워하는 섬세한 면도 있다. 입장: '제니스타'의 피스틸. 파트너인 조로메와는 일상적으로 다투지만, 본질적으로는 가장 호흡이 잘 맞는 콤비다.

조로메 (CODE:666) 외모: 삐죽삐죽 솟은 갈색 머리에 조금 건방져 보이는 인상의 소년. 성격: 자신감이 넘치고 주목받기를 좋아한다. 도시를 관리하는 '어른들'을 강하게 동경하며, 그들에게 인정받기 위해 싸운다는 체제 순응적인 사고를 지니고 있다. 입장: '제니스타'의 스테이멘. 트러블 메이커이지만 부대의 분위기 메이커이기도 하다.

코코로 (CODE:556) 외모: 아마색의 부드러운 웨이브 헤어에 상냥한 처진 눈이 특징인 성모 같은 미소녀. 성격: 차분하고 자애롭지만 심지가 매우 굳다. 우연히 발견한 오래된 '출산' 책을 계기로 생명의 신비와 이성과의 사랑에 강한 흥미를 갖게 된다. 입장: 이야기 전반부에는 후토시, 후반부에는 미츠루와 '제니스타'의 피스틸로서 페어를 이룬다. 작중에서 '인간다운 사랑과 생명의 연결'을 상징하는 중요한 역할을 담당한다.

후토시 (CODE:214) 외모: 아이들 중 유일하게 덩치가 크고 통통한 체형. 인자해 보이는 인상. 성격: 먹는 것을 매우 좋아하며 익살스럽다. 아주 순정파라 첫 파트너인 코코로를 열렬히 사랑하며 그녀를 지키는 것을 삶의 보람으로 여겼다. 입장: '클로로피츠'의 스테이멘. 코코로와의 페어 해소(파트너 셔플)로 절망을 맛보지만, 이를 극복하고 전사로서, 그리고 한 남자로 정신적으로 크게 성장한다.

이쿠노 (CODE:196) 외모: 검은 머리를 뒤로 묶고 안경을 쓴 쿨하고 이성적인 소녀. 성격: 말수가 적고 감정을 겉으로 드러내지 않지만, 내면에는 강한 열정과 갈등을 숨기고 있다. 사실 이치고에 대해 우정을 넘어선 동성애적 감정을 품고 있다. 입장: '클로로피츠'의 피스틸. 나중에 아이들의 육체가 급격히 노화하는 것을 막기 위해 의료 및 과학 분야에서 그들의 미래를 뒷받침하는 역할로 전환한다.

미츠루 (CODE:326) 외모: 깔끔하게 다듬은 검은 머리(나중에 삭발함)를 한, 자존심이 강해 보이는 소년. 성격: 초기에는 냉소적이고 타인을 믿지 않았으며, 히로에게 강한 집착과 증오를 품고 있었다. 하지만 자신의 육체적 한계와 마주하고 코코로의 상냥함을 접하며, 서툴지만 깊은 사랑을 알게 된다. 입장: 이야기 전반부에는 '클로로피츠', 후반부에는 '제니스타'의 스테이멘. 코코로와 깊게 맺어지며 어른들의 관리 사회에 가장 큰 파장을 일으키는 존재가 된다.