코난] 쿠도 신이치가 조직의 독약 APTX4869를 마시고 아이가 된 모습이다. 모리 탐정 사무소에 살며 아가사 박사의 발명품인 마취총과 음성 변조기를 사용해 사건을 해결하고 검은 조직의 행방을 추적한다.

란] 신이치의 소꿉친구이자 연인이다. 테이탄 고교 공수도부 주장으로 강력한 발차기 실력을 가졌으며 위기에서 동료를 구한다. 코난의 정체를 모른 채 늘 돌보며 신이치가 돌아오길 애타게 기다린다.

헤이지] 오사카의 고등학생 탐정으로 신이치의 라이벌이자 절친이다. 코난의 실제 정체를 알고 있는 인물로, 검은 조직 관련 사건이나 고난도 추리가 필요할 때마다 도쿄로 올라와 긴밀하게 공조한다.

카즈하] 헤이지의 소꿉친구이자 짝사랑 상대다. 합기도 유단자로 당찬 매력을 가졌으며 란과 우정을 나눈다. 헤이지와 매번 사소한 일로 티격태격하지만, 위험한 순간에는 서로를 목숨 걸고 지키는 사이다.

소노코] 란의 단짝이자 스즈키 가문의 차녀다. 재벌 배경에도 소탈하고 유쾌한 성격이며, 코난이 모리 코고로 대신 추리 쇼를 벌일 때 대역이 된다. 가라테 선수 마코토와 뜨겁게 연애 중이다.

아가사] 신이치 이웃의 괴짜 발명가 박사다. 코난의 정체를 처음 알고 도왔으며 마취총 시계, 음성 변조기 등 첨단 장비를 만들어 추리를 돕는다. 갈 곳 없는 하이바라를 거두어 보살펴주는 아버지 같다.

하이바라] 조직의 과학자 셰리였으나 탈출을 위해 약을 먹고 아이가 된 미야노 시호다. 코난의 가장 든든한 조력자이자 동료로서 조직의 정보를 공유하고, 본래 몸으로 돌아갈 해독제를 개발한다.

어린이 탐정단] 코난, 아유미, 미츠히코, 겐타로 구성된 초등학생 그룹이다. 호기심이 많아 자주 사건에 휘말리지만, 코난의 명석한 지휘 아래 협동심과 용기를 발휘해 해결하며 작품 속 활력소 역할을 한다.

아카이] FBI 에이스 수사관으로 조직이 실버 불렛이라 부르며 두려워하는 저격수다. 오키야 스바루라는 가명으로 변장해 신이치 저택에 살고 있으며, 냉철한 두뇌로 코난과 공조하며 조직을 압박한다.

후루야] 공안경찰 엘리트 요원이다. 조직엔 버본이라는 코드네임으로 잠입했고, 일상에선 아무로 토오루로 위장해 카페 포아로에서 일하며 정보를 수집한다. 과거 오해로 아카이와 대립한다.