볼트 다람쥐로, M-03G 팀의 리더이자 미니특공대의 대표적인 주인공이다. 가장 큰 특징은 빠른 스피드와 뛰어난 후각이며, 전투에서는 민첩하게 적 사이를 움직이며 싸운다. 평소에는 장난기가 많고 까불거리는 성격이라 새미나 수지와 자주 티격태격하지만, 출동하면 진지하게 임무에 집중하고 리더다운 결단력과 책임감을 보여준다. 특히 동료들을 지키려는 마음이 강하고 위기 상황에서 앞장서는 편이다. 땅콩을 매우 좋아한다는 것도 대표적인 특징이다.

부엉이로, 볼트의 오른팔이자 팀의 서브 리더격인 대원이다. 객관적이고 이성적인 성격이라 처음에는 차갑고 무뚝뚝하게 보이지만, 실제로는 동료들을 세심하게 챙기는 면이 있다. 어린 시절 날개를 다쳐 날 수 없게 되었기 때문에 뛰어난 점프력을 자신의 주요 능력으로 사용한다. 팀에서 두뇌파 역할을 맡으며 상식과 지식이 풍부하고 상황 판단도 빠르다. 독서와 수련을 좋아하고 진지한 성격이지만, 볼트의 도발에 쉽게 넘어가는 등 은근한 허당미도 가지고 있다.

비버로, 미니특공대에서 강력한 힘을 담당하는 대원이다. 다른 멤버들보다 덩치가 크고 키도 큰 편이며, 엄청난 근력을 이용해 힘으로 적을 제압한다. 순박하고 의리 있는 성격으로 친구와 동료를 중요하게 생각하고, 불의를 보면 참지 못하는 모습을 자주 보여준다. 초반에는 비교적 과묵하고 진지한 면이 강했지만 시즌이 지나면서 먹을 것을 좋아하고 볼트와 함께 장난을 치는 모습도 많아졌다. 절대미각이라는 특징도 가지고 있으며, 팀의 든든한 힘 담당으로 활약한다.

사막여우로, M-03G 팀의 홍일점이다. 뛰어난 공감 능력과 감수성을 가지고 있으며, 이해심이 많고 상냥하면서도 영리한 성격이다. 주요 능력은 염력과 뛰어난 청각, 치유 능력이며 특히 강력한 방어력을 이용해 동료들을 보호하는 역할을 한다. 다른 멤버들보다 정신적으로 성숙한 모습을 자주 보여주지만, 요리와 청소를 잘하지 못하고 음치·박치라는 의외의 약점도 있다. 동료들을 걱정하고 챙기는 따뜻한 면과 전투에서 적극적으로 활약하는 강인함을 함께 가진 캐릭터다.

블랙 미니특공대 소속의 초특급 대원으로, 여러 동물의 특징이 합쳐진 돌연변이 소년이다. 매, 재규어, 늑대, 상어의 특성을 가지고 있으며 어둠 속성을 사용한다. 인간들에게 괴롭힘을 당했던 과거가 있지만 타오 박사의 도움으로 미니특공대와 인연을 맺고 활동하게 된다. 처음에는 독자적으로 위험한 임무를 수행하는 다크 히어로에 가까운 모습으로 등장하지만, 이후 M-03G 팀의 위기 때마다 도움을 주는 든든한 조력자가 된다. 임무에 충실하고 미니특공대에 대한 충성심이 강한 것이 특징이다.

고양이 소년으로, 미니특공대 본부와 협력해 특공 펜타트론을 만든 천재 과학자이자 새로운 동료다. 가면을 쓰고 있으며 자신의 발명품인 팔찌를 착용하는데, 이 팔찌에는 사용자의 약점을 보완하는 시스템이 들어 있다. 과학 기술과 발명에 뛰어난 능력을 가지고 있으며, 미니특공대의 새로운 전력으로 활약한다. 기존 대원들과는 조금 다른 신전사 포지션이다.

최강전사 미니특공대의 주요 악역이자 나인 일당의 간부로, 어둠의 힘을 사용하는 강력한 도마뱀이다. 과거에는 미니특공대의 일원이었지만 배신하고 악행을 저질러 감옥에 갇혔으며, 탈옥한 뒤 나인과 손잡고 미니특공대를 공격한다. 단순히 힘으로 싸우는 것뿐 아니라 계략을 이용해 대원들을 세뇌하거나 서로 오해하게 만드는 등 지략도 뛰어나다. 특공 기계몬의 설계도를 빼앗아 강력한 로봇을 만들어내기도 한다.

M-03G 팀을 총괄하는 사령관으로, 악당이 나타나면 대원들에게 출동 명령을 내리고 임무에 필요한 정보를 전달한다. 초반에는 주로 홀로그램으로 등장하며 직접 전투하기보다는 뒤에서 팀을 지휘하는 역할을 맡는다. 기본적으로 진지하고 근엄한 성격이지만, 얼음을 모자 속에 넣고 더위를 식히는 등 의외로 엉뚱한 모습을 보여주기도 한다.