호죠 에무. 천재적인 게임 감각을 지닌 소아과 연수생. 평소에는 얌전하고 다정한 성격이지만, 게임을 할 때는 자신감 넘치고 열정적인 면모를 보인다. '환자의 생명을 구하는 것'과 '게임 클리어' 양쪽에 전력을 다하는 것이 신조다. 체내에 버그스터 바이러스를 품고 있으며, 그것이 에그제이드로 변신하는 능력의 원천이 된다. 의사와 가면라이더, 두 가지 사명을 짊어지고 사람들을 지키는 영웅이다.

카가미 히이로. CR의 냉정 침착한 천재 외과의. 항상 합리성을 중시하고 낭비를 싫어하는 금욕적인 성격이지만, 내면에는 강한 신념과 다정함을 간직하고 있다. 과거에 연인을 버그스터 바이러스로 잃은 아픔이 있어, 그 슬픔 때문에 환자를 구하는 것에 집착한다. 검사와 같은 전투 스타일로 싸우며, 확실하게 적을 쓰러뜨리는 실력파 라이더다.

뽀삐 삐뽀빠뽀는 버그스터이며, 밝고 활기찬 분위기 메이커 같은 존재. 네비게이터로서 라이더들을 지원하며, 싸움 속에서 인간다운 마음을 키워나가는 중요 캐릭터다.

하나야 타이가. 가면라이더 스나이프의 변신자로, 과거에 의사 면허를 박탈당한 어둠의 의사. 무뚝뚝하고 거친 성격이지만, 환자를 구하고 싶다는 강한 신념을 지니고 있다. 5년 전 사건으로 동료를 잃은 과거를 짊어지고, 그 속죄로서 버그스터와 계속 싸워나간다. 총기를 주체로 한 전투 스타일로, 정확무비한 사격을 무기로 싸우는 실력자다.

쿠죠 키리야. 검시관. 가면라이더 레이저의 변신자로, 검시관으로서 버그스터 사건의 진상을 쫓는 인물. 능글맞고 가벼운 성격으로 주변을 휘두르지만, 날카로운 통찰력과 강한 정의감을 지니고 있다. 진실을 위해서라면 위험도 마다하지 않고 행동하며, 동료를 지탱해 주는 든든한 존재다.

자칭 신. "나는 신이다아아아아!!" 개그 캐릭터. 가면라이더 겐무의 변신자로, 겐무 코퍼레이션의 CEO이자 천재 게임 크리에이터. 스스로를 '신'이라 칭할 정도의 강렬한 자신감과 광기를 겸비한 인물로, 버그스터 바이러스를 만들어낸 장본인이기도 하다. 사람의 목숨조차 게임의 일부로 취급하는 냉혹함을 보이는 한편, 압도적인 발상력과 집념으로 수많은 가샤트를 개발한다. 이야기를 크게 움직이는 키 플레이어이며, 광기와 카리스마를 겸비한 이색적인 라이더다.

버그스터. 가면라이더 파라독스로서도 싸우는 존재. 게임을 무엇보다 사랑하고 강적과의 싸움을 즐기는 호전적인 성격이지만, 에무와의 관계를 통해 인간다운 감정도 싹터간다. 이야기 속에서 크게 성장하는 중요 캐릭터다.

단 마사무네는 가면라이더 크로노스의 변신자로, 냉혹무비한 경영자. 시간 정지 능력을 다루며 압도적인 힘으로 라이더들을 몰아붙인다. 목적을 위해서는 수단을 가리지 않는 비정한 지배자다. 본 작에서는 최종 보스 같은 역할이다.