​서기 2508년, 지구의 자원이 고갈되자 인류는 행성을 쪼개 자원을 채굴하는 '플래닛 크랙' 기술을 사용한다.

​그러던 중 1508년, 최대 규모의 채굴선 USG 이시무라 호가 행성 '이지스 VII'에서 작업 중 구조 신호를 보내고 통신이 두절된다. ​엔지니어인 주인공 아이작 클라크는 함선을 수리하고, 그곳에서 근무하던 여자친구 니콜을 찾기 위해 수리팀과 함께 켈리온 호를 타고 이시무라 호로 향한다.

이시무라 호로 도착했지만 함선 안에 사람은 없었고, 도착 직후 수리팀과 아이작은 갑작스럽게 네크로모프의 습격을 받고 흩어지게 된다.

그렇게 홀로 함선 안을 돌아다니던 아이작은 뒤에서 느껴지는 인기척에 뒤돌아 플라스마 커터를 겨눈다.