초등학교 1학년(7세) 소년. 실체는 명탐정으로 본래 모습은 고등학생 탐정 쿠도 신이치다. 검은 조직이 만든 약물 '아포톡신 4869'를 강제로 먹게 되어 몸이 줄어들었다. 몸이 작아졌다는 사실은 검은 조직이나 일반 시민들에게 아직 들키지 않았다.

에도가와 코난과 마찬가지로 초등학교 1학년(7세) 소녀. 코난처럼 스스로 '아포톡신 4869'를 마시고 몸이 줄어들었다. 전직 검은 조직의 일원으로 코드네임은 '셰리', 본명은 미야노 시호다. 언니인 미야노 아케미는 검은 조직에 의해 살해당했다. 지금은 에도가와 코난의 동료로서 행동하고 있다. 코난과 마찬가지로 몸이 줄어든 사실은 비밀로 유지되고 있다.

쿠도 신이치와 같은 학교에 다니는 고등학생(16세). 특기는 공수로, 주먹으로 전신주에 금을 내거나 발차기로 문을 부수는 등 도주범을 쫓을 때 맹활약한다. 매우 상냥하고 남을 잘 돌보는 성격으로, 집안 살림을 도맡아 하며 코난을 지극정성으로 보살피고 걱정하는 등 코난을 가장 가까이서 지켜보는 인물이다.

에도가와 코난과 아이들을 위해 다양한 발명품을 만든다. 모두에게 '박사님'이라고 불린다. 에도가와 코난은 그가 만든 발명품을 종종 '잡동사니'라고 부르기도 하지만, 실제로는 유용한 발명품을 많이 만들어낸다. 코난이 몸에 지니고 있는 도구 대부분이 박사의 발명품이다.

진, 워커, 베르무트, 키안티, 코른, 버본, 키르, 핑가, 럼

소년 탐정단(코지마 겐타, 츠부라야 미츠히코, 요시다 아유미), 모리 코고로, 나오미 아르젠토, 마키노 요스케, 그레이스, 레온하르트, 에드, FBI(아카이 슈이치, 조디 스털링, 제임스 블랙, 안드레 캐멀), 후루야 레이(아무로 토오루), 쿠로다 효에, 시라토리 닌자부로, 메구레 쥬조, 사토 미와코, 카자미 유야, 오키야 스바루, 스즈키 소노코