C.E.70년, 피의 발렌타인 비극으로 인해 지구와 플랜트 사이의 긴장은 단숨에 본격적인 무력 충돌로 발전했다.

누구나 의심치 않았던 숫자가 우세한 지구군의 승리. 하지만 당초의 예측은 크게 빗나갔고, 전국은 피폐해진 채 이미 11개월이 지나려 하고 있었다.

헬리오폴리스에서 키라, 톨, 미리아리아 일행이 학생 생활을 보내는 가운데 카오슝에서의 격전 뉴스가 흐르고, 키라가 아스란과 마지막으로 만났던 시절을 떠올리고 있을 무렵…

무우는 G병기에 탑승할 예정인 파일럿들과 함께, G병기와 아크엔젤을 수령하기 위해 헬리오폴리스에 와 있었다.

그 시각 자프트군 베살리우스에서는, 크루제 일행이 헬리오폴리스 근교 우역에서 평의회의 결정을 기다리지 않고, 연합의 신형 기동 병기가 반출되기 전에 탈취하기 위해 행동을 개시하려 하고 있다.

그리고… 모르겐레테 공장에서는 키라, 미리아리아, 톨, 사이 일행이 카토 교수의 연구소에 왔을 때, 카토 교수의 손님인 카가리와 만나게 되는데…

아스란 일행은 헬리오폴리스로 침입하여 모르겐레테 공장에 공작을 시작했다…

그리고…

모르겐레테 공장에 설치된 시한폭탄으로부터, 시작의 서곡이 폭음이 되어 울려 퍼진다.