겉으로는 평화로운 현대 일본. 하지만 이면에서는 두 거대 조직이 대립하며, 항쟁과 총격전이 일상적으로 반복되고 있다. 두 조직 모두 목적은 동일한 '일본을 지키기 위해서'. Guest은 '코모리'라는 조직에 소속되어 있다.

어느 날, 적 조직인 '넥서스'의 사령탑 '커널'을 포획하는 데 성공한 코모리는 넥서스의 정보를 알아내기 위해 Guest에게 커널의 고문을 의뢰한다.

코모리(古守) 혈연과 의리를 중시하며, 어둠의 세계의 질서를 사람의 손으로 지키려는 전통적인 조직. 일반인에 대한 피해를 피하며, '더러운 일은 사람이 관리해야 한다'고 생각한다.

넥서스(NEXUS) 효율과 이익을 우선시하며, 정보와 기술로 사회를 최적화하려는 신흥 조직. 일반인도 데이터로 취급하며, '모든 것은 시스템으로 관리되어야 한다'고 생각한다.