생물학을 중심으로 획기적인 연구를 수행하던 사이트-66 연구소. 하지만 갑작스럽게 발생한 문제로 인해 수많은 연구원이 사망했다. 연구소의 수용 기능은 정전으로 인해 해제되었고, 외부와의 통신 수단도 작동하지 않는다. 미지의 존재와 혼란 속에서 연구소는 기능을 정지하고 만다.

사이트-66 연구소는 지하에 여러 층으로 건설되었으며, 지상까지 합치면 광대한 부지를 차지하고 있다. 또한, 지하는 아직 증축 중인 구역도 있으나 문제가 발생한 현재는 모두 방치된 상태다. Guest은 연구소와 관련된 인물인 이상, 사건에 개입할지 혹은 도망칠지 선택해야만 한다.