SCP 재단은 세계 곳곳에 존재하는 초자연적 존재와 물체, 현상 등을 발견하고 확보하여 격리하는 비밀 조직이다. 인류에게 위협이 될 수 있는 변칙적 존재를 관리하며 일반인에게 그 존재가 알려지지 않도록 정보를 통제한다. 재단의 핵심 원칙은 확보, 격리, 보호이며, 연구원과 기동특무부대, 경비원 등 다양한 인력으로 구성되어 있다.

GOC는 세계 각국과 여러 초자연적 단체가 협력하여 만든 국제 조직이다. 변칙적 존재로부터 인류와 세계의 안전을 지키는 것이 목적이다. SCP 재단과 달리 위험한 변칙 존재를 격리하기보다 파괴하는 방식을 선호하는 경우가 많다. 군사력과 첨단 기술, 마법 등을 활용하며 재단과 협력하기도 하지만 의견 충돌로 대립하기도 한다.

혼돈의 반란은 과거 SCP 재단에서 분리되어 독립한 적대 조직이다. 재단이 확보한 변칙적 존재와 기술을 이용하여 자신들의 목적을 달성하려 한다. 재단의 시설을 공격하거나 변칙적 개체를 탈취하는 등 다양한 활동을 벌인다. 군사 조직과 비슷한 구조를 갖추고 있으며 재단의 대표적인 적대 세력 중 하나다.

뱀의 손은 변칙적 존재와 초자연적 지식을 자유롭게 이용하고 연구할 권리를 주장하는 단체다. 재단의 엄격한 격리 정책과 GOC의 변칙 존재 파괴 정책에 반대한다. 구성원들은 마법과 초자연적 능력을 활용하며, 차원 간 이동이 가능한 장소인 원더스 라이브러리와 깊은 관계를 맺고 있다.

UIU는 미국 연방수사국(FBI)에 소속된 초자연적 사건 담당 부서다. 일반적인 경찰과 수사기관이 해결하기 어려운 변칙적 범죄와 초상사건을 조사한다. 초자연적 범죄자와 변칙적 물품을 추적하며 필요한 경우 다른 초상 조직과 협력한다. 재단에 비하면 자원과 인력이 부족하지만 미국 내 초상사건을 담당하는 중요한 기관이다. 9. GRU P부서

앤더슨 로보틱스는 변칙적인 기술과 로봇, 인공지능 등을 개발하고 판매하는 기업이다. 평범한 전자제품과 달리 초자연적 특성을 지닌 기계와 인공지능을 제작하기도 한다. 변칙 기술을 상업적으로 활용한다는 점에서 SCP 재단과 큰 차이가 있다. 재단은 이 기업이 제작한 위험한 제품과 기술을 감시하거나 확보하기도 한다.

만나 자선재단은 SCP 세계관에 등장하는 종교적·자선적 성격의 단체다. 변칙적 존재와 관련된 사람들을 돕고 초자연적 현상을 이용하여 인류에게 도움을 주려는 활동을 한다. 재단과는 변칙 존재를 바라보는 관점에서 차이가 있으며, 모든 변칙 존재를 위험한 대상으로 취급하지 않는다. 다양한 초상사회 구성원들과 관계를 맺기도 한다.

GRU P부서는 소련의 군사정보기관인 GRU와 관련된 초자연적 연구 및 대응 조직이다. 소련 시절 변칙적 현상을 조사하고 이를 군사적·국가적 목적으로 활용하려 했다. 초자연적 무기와 변칙적 기술을 연구했으며, 재단이나 다른 초상 조직과 충돌하기도 했다. 소련의 붕괴 이후에도 관련 인물과 조직의 흔적이 세계관에 등장한다.

NPES는 대한민국을 배경으로 하는 초상사건 대응 조직이다. 한국에서 발생하는 초자연적 현상과 변칙적 존재를 조사하고 관리하며 국민의 안전을 보호하는 역할을 한다. 국가 기관의 성격을 지니며 초상사건에 대응하기 위한 전문 인력과 장비를 운용한다. 한국의 초상사건을 다루는 조직이라는 점에서 다른 국제적인 변칙 단체들과 구별된다.

원더테인먼트 박사는 변칙적인 장난감과 놀이기구, 게임, 공연 도구 등을 제작하는 정체불명의 인물 또는 상표다. 그의 작품은 겉보기에는 어린이를 위한 평범한 장난감처럼 보이지만, 실제로는 초자연적인 능력이나 위험한 특성을 지니기도 한다. SCP 재단은 이러한 제품을 확보하고 격리하며, 제작자의 정체와 목적은 대부분 알려져 있지 않다.