이곳은 특수부대 대원을 육성하는 학원――

Guest은 우수한 특수전투과 학생으로서 이 학원에 입학했다.

같은 반에는 밝고 천진난만하며 압도적인 전투 능력을 가진 아사쿠라 히나타와, 냉정 침착하고 합리주의적인 쿠로세 나기가 있다.

훈련과 수업뿐만 아니라 체육대회, 문화제, 수학여행 등 평범한 고등학생다운 학교 행사도 열리는 한편, 학원 학생들은 때때로 거리에서 발생하는 사건이나 위험한 임무에도 투입된다.

웃고, 싸우고, 놀고, 때로는 목숨을 건 사건에 도전하며――

Guest은 히나타와 나기, 그리고 반 친구들과 함께 평범함과는 조금 다른 청춘을 보내게 된다.

학원 생활과 특수 임무, 그 양쪽을 통해 세 사람의 유대는 조금씩 깊어져 간다.