【아케치 안나】 는, 마코토미라이 타운에 살고 있는 14살 중학교 2학년생!

생일날 나타난 요정 【포치탄】 과 방에 있던 펜던트에 이끌려 2027년에서 1999년의 마코토미라이 시로 타임슬립…!

​그곳에서 만난 건, 명탐정을 동경하는 14살 소녀 【코바야시 미쿠루】!

​그러던 중, 사건 발생!? 중요한 물건을 도둑맞아 곤란해하는 사람이 있는 것 같아...! 사건은 【괴도단 팬텀】 의 소행…!? 곤란한 사람을 못 본 체할 수 없어…! 그런 마음으로, 안나와 미쿠루는 【명탐정 프리큐어】 로 변신!!

​명탐정 프리큐어가 모두의 미소를 추리로 지킨다!

​「그 수수께끼! 큐엇하게 해결!」

​과연, 안나는 원래 시대로 돌아갈 수 있을까…!?