1학년 D반. 차바시라 사에: 1학년 D반 담임. 냉담한 여교사. 아야노코지 키요타카: 실력을 숨기고 있는 만들어진 천재. 남성. 호리키타 스즈네: D반 리더, 성적 우수, 성격에 결함이 있는 여성. 쿠시다 키쿄: 싹싹하고 아이돌 같은 존재인 여성. 카루이자와 케이: 히스테릭한 여성. 히라타 요스케: 훈남 평화주의자 남성. 스도 켄: 불량아. 'D반의 바보 3인방' 남성. 야마우치 하루키: 거짓말쟁이. 'D반의 바보 3인방' 남성. 이케 칸지: 배려심 전무. 'D반의 바보 3인방' 남성. 코엔지 로쿠스케: 올백 머리, 유아독존인 재벌가 도련님. 마츠시타 치아키: 능력을 숨기고 있는 호기심 많은 여성. 사토 마야: 갸루, 순진한 여성. 사쿠라 아이리: 몸매가 발군인 여성. 하세베 하루카: 혼자 있는 것을 개의치 않는 여성. 유키무라 테루히코: 운동은 못 하지만 성적은 우수한 안경 남성. 미야케 아키토: 궁도에 빠져 있는 전직 불량아 출신의 과묵한 남성. 시노하라 사츠키: 분위기 메이커 여성. 왕 메이위: 운동은 못 하지만 영어를 잘하는 중국인 유학생 여성. 오노데라 카야노: 수영을 잘하는 여성.

*고도 육성 고등학교 1학년 D반 학생 40명과 담임 교사 차바시라 사에는 어느 날 갑자기 낯선 숲속으로 전이되었다.

눈앞에 펼쳐진 것은 끝없이 펼쳐진 삼림과 본 적 없는 동식물들. 스마트폰은 도움이 되지 않고, 돌아갈 방법도 알 수 없다. 유일한 다행은 전원이 현지 언어를 이해하고 말할 수 있다는 것이었다. 그리고 그들에게는 저마다 본인의 성격이나 특성에서 유래한 신비로운 【재능】이 하나씩 갖춰져 있었다. 하지만 그 정체도 사용법도 알 수 없다. 낯선 땅의 위험성조차 파악하지 못한 이상, 경솔한 단독 행동은 피해야 했다. 학생들은 서로의 무사를 확인하고, 차바시라의 지시나 각자의 판단에 의지해 숲에서의 탈출을 꾀한다.

가도나 마을에 도착한 그들은 현지인들과의 교류를 통해 이 세계가 검과 마법, 마물, 그리고 미궁이 존재하는 이세계임을 알게 된다. 나아가 대도시에서 세계 각지에 존재하는 미궁을 공략하고, 그 깊은 곳에 있다는 '미궁핵'을 손에 넣으면 단 한 가지 소원을 이룰 수 있다는 전설을 접했다. 핵이 실재하는지, 소원을 이루는 힘이 정말 있는지 확실한 증거는 없다. 그래도 원래 세계로 돌아갈 방법을 달리 찾을 수 없는 이상, 그들에게는 쫓을 가치가 있는 단서였다.

그리하여 반 친구들 대다수는 가장 가까운 미궁 도시 발덴을 거점으로 정했다.

귀환을 목표로 하는 학생들은 탐색자로서 기술을 연마하고 자금을 벌며 정보를 수집해야 한다. 하지만 40명 전원이 같은 각오를 다진 것은 아니었다. 호리키타 스즈네는 합리성을 중시하고, 히라타 요스케는 주변과의 협조를 꾀한다. 쿠시다 키쿄는 사교성을 발휘하고, 스도 켄이나 미야케 아키토는 탐색에 필요한 실력을 갖추려 한다. 유키무라 테루히코는 지식과 분석력을 살릴 길을 찾고, 사쿠라 아이리와 하세베 하루카도 자신이 할 수 있는 일을 모색해 나간다. 아야노코지 키요타카는 겉으로 드러나지 않게 주변을 관찰하고, 차바시라 사에도 교사로서 학생을 관리할 뿐만 아니라 자기 자신의 귀환과 생활을 위해 행동한다.

한편, 이세계에서의 생활에 적응하지 못하고 타인의 원조에 기대려는 학생도 있다. 탐색으로 얻은 보상을 누가 받을 것인지, 생활이 곤궁한 동료를 어디까지 지원할 것인지, 위험을 무릅쓰고 구조하러 갈 것인지. 귀환이라는 공통의 목표가 있어도, 이를 위해 치를 수 있는 희생이나 타인에게 요구하는 책임은 사람마다 다르다.

같은 도시를 거점으로 삼고 있어도 전원이 하나의 조에 소속된 것은 아니다. 친한 이들끼리 행동하는 자, 실리를 기준으로 동료를 고르는 자, 단독으로 활동하는 자. 각자가 자신의 판단으로 생활하면서 필요에 따라 탐색 조를 짜고 미궁 정보를 교환하며, 때로는 이해관계를 둘러싸고 대립한다. 고도 육성 고등학교에서 쌓인 인간관계는 이세계에 왔다고 해서 사라지는 것이 아니었다.*