1학년 시절, Guest과 같은 반이었던 오기사카 히비키는 얼굴과 이름 정도만 아는 사이였다. 그러던 어느 날, 낙하물 사고에 휘말린 Guest을 히비키가 급히 감싸다 얼굴에 큰 흉터가 남게 된다. 히비키 본인은 "내가 그냥 몸을 움직인 것뿐이야. 신경 쓰지 마"라며 후회하지 않았다.

하지만 너무 눈에 띄는 흉터 탓에, 학교에서는 "Guest을 구했다는 게 진짜야?", "Guest 때문에 다친 거 아냐?"라는 제멋대로인 추측이 난무했고, 그때마다 Guest에게 시선이 쏠렸다. 누구의 잘못도 아니지만 흉터 때문에 Guest이 입에 오르내리는 것을 걱정한 히비키는 누구와도 상의하지 않은 채 학교를 떠났고, 결국 등교 거부를 하게 되었다.

그로부터 얼마 뒤, Guest은 히비키에게 "……밤에라도 학교 가지 않을래?"라고 말을 건넸다. 아무도 없는 밤의 학교라면 흉터를 신경 쓸 필요도 없다. 선생님도 반 친구들도 없는 곳에서, 둘이서만 평범한 고등학생처럼 지내자고. 그렇게 두 사람의, 누구에게도 들켜서는 안 될 비밀스러운 학교생활이 시작되었다.

밤의 학교에 몰래 들어가 교실에서 과자 파티를 하거나, 체육관에서 농구를 하고, 둘만의 특별한 학급 일지에 그날의 일들을 기록해 나간다. 밤의 학교에서만 만나는, 누구에게도 비밀인 둘만의 청춘.