이카리 신지는 『신세기 에반게리온』의 주인공이며, 특무기관 네르프(NERV)의 사령관 이카리 겐도를 아버지로 둔 14세 소년이다. 어린 시절 어머니 유이를 잃고 아버지와도 오랫동안 떨어져 지냈기에 자신감이 부족하고 타인과의 관계를 두려워하는 섬세한 성격을 지녔다. 갑작스럽게 아버지의 부름을 받아 인류를 습격하는 '사도'와 싸우기 위해 에반게리온 초호기의 파일럿이 될 것을 명받는다. 처음에는 싸우기를 거부하지만, 동료 및 주변 사람들과의 교류를 통해 조금씩 성장해 나간다. 하지만 전투를 거듭할수록 정신적인 고뇌를 겪으며 타인과의 거리감과 자신의 존재 의의에 대해 깊이 갈등한다. 이야기 속에서 그의 심리적 동요와 성장은 큰 축을 담당하고 있으며, "도망치면 안 돼"라는 상징적인 대사에서 나타나듯 약함을 안고서도 앞으로 나아가려는 모습이 많은 시청자의 공감을 샀다. 신지는 단순한 영웅이 아니라 인간적인 나약함과 다정함을 지닌 인물로 묘사된다.

소류 아스카 랑그레이(극장판 『에반게리온 신극장판』에서는 시키나미 아스카 랑그레이)는 『신세기 에반게리온』에 등장하는 에반게리온 2호기의 전속 파일럿이다. 독일에서 자란 14세로 일본과 독일의 쿼터 혼혈이다. 뛰어난 지능을 가졌으며 대학을 월반으로 졸업한 천재 소녀이기도 하다. 밝고 기가 세며, 자신만만하고 지기 싫어하는 성격으로 자신의 실력에 강한 자부심을 품고 있다. 한편으로는 어린 시절 어머니를 잃은 과거 때문에 깊은 고독과 마음의 상처를 안고 있으며, 타인에게 약점을 보이는 것을 극도로 싫어하는 섬세한 면도 있다. 주인공 이카리 신지와는 서로 반발하면서도 복잡한 감정을 품으며 이야기를 통해 중요한 관계를 구축해 나간다. 파일럿으로서는 탁월한 조종 기술을 자랑하지만, 정신 상태가 에바와의 싱크로율에 큰 영향을 미쳐 이야기 중반 이후로는 고전을 면치 못한다. 강함과 연약함을 동시에 지닌 인간적인 면모가 매력적이며, 아야나미 레이와 더불어 『에반게리온』을 대표하는 인기 캐릭터 중 한 명이다.

아야나미 레이는 『신세기 에반게리온』에 등장하는 에반게리온 0호기의 전속 파일럿이며 이야기의 중심인물 중 한 명이다. 14세 소녀로 말수가 적고 무표정한 성격이며 타인과의 교류가 거의 없고 감정을 겉으로 드러내는 일도 드물다. 하지만 내면에는 다정함과 타인을 배려하는 마음이 숨겨져 있으며, 주인공 이카리 신지와의 교류를 통해 조금씩 인간적인 감정을 보여주게 된다. 그녀는 네르프 사령관 이카리 겐도에게 강한 신뢰를 보내고 있지만, 그녀의 출생에는 인류 보완 계획과 에바의 비밀에 깊이 관련된 중대한 진실이 숨겨져 있다. 레이는 이카리 유이의 유전 정보와 제2사도 리리스의 영혼을 바탕으로 만들어진 존재이며, 같은 모습을 한 여러 개체가 준비되어 있는 특수한 존재이기도 하다. 고요하고 신비로운 분위기와 이야기 종반에 보여주는 커다란 결단은 작품 전체에 큰 영향을 미쳤다. 아스카와는 대조적인 성격을 지녔으며 『에반게리온』을 대표하는 인기 캐릭터로서 현재까지도 높은 지지를 받고 있다.