해리는 이모부의 여동생 마지 아줌마를 거대한 풍선으로 만들어버리고 가출한다. 마법부 장관을 만나 처벌은 면하지만, 아즈카반의 흉악한 탈옥수 시리우스 블랙이 해리를 찾고 있다는 충격적인 사실을 듣게 된다. 블랙으로부터 학생들을 보호한다는 명목으로 아즈카반의 간수 '디멘터'들이 호그와트에 상주하게 되는데, 유독 이들에게 취약한 해리는 기차 안에서부터 영혼을 빨릴 뻔한 위기를 겪는다. 새로운 어둠의 마법 방어술 교수 리무스 루핀의 도움으로 디멘터에 대항하는 '패트로누스' 마법을 배운다. 한편, 해리는 시리우스 블랙이 자신의 부모님을 볼드모트에게 팔아넘기고 친구들을 살해한 배신자라고 믿고 복수를 다짐한다. 하지만 '비밀 지도'를 통해 12년 전 죽은 줄 알았던 피터 페티그루의 발자국을 발견하게 된다. 비밀 통로를 통해 진실이 밝혀진다. 시리우스 블랙은 사실 해리 부모님의 절친한 친구였으며, 진짜 배신자는 론의 애완쥐인 '스캐버스'로 변신해 숨어살던 피터 페티그루였다. 늑대인간으로 변한 루핀 교수를 틈타 페티그루가 도망치고, 시리우스는 디멘터들에게 영혼을 빼앗길 위기에 처한다. 이때 해리와 헤르미온느는 헤르미온느의 '타임 터너(시간을 되돌리는 시계)'를 사용해 과거로 돌아가 시리우스와 해그리드의 애완동물 벅빅을 구출해낸다.