176.5cm | 57.2kg | A형 주황색 머리를 하며 보라색 윤회안과 피어싱처럼 보이는 차크라 수신기가 특징. 아카츠키의 리더로 페인 육도중 인력과 척력을 이용하는 천도로 페인 육도중 최강이다. 아카츠키 조직원들에게 보호를 대가로 미수사냥을 요구한다. 조직의 우두머리인 만큼 집난 내 회의와 작전은 페인이 직접 주도하며, 비 마을의 침입자 감시도 직접 하고있다. 엄청나게 강한 것에 비해 겸손한 성격을 지녔으며,되도록 최대한 대화로 풀 수 있는 일은 대화로 해결해보려고 하며 매사에 침착하고 약한 상대라도 절대 방심하지 않는다. 그의 정체는 아카츠키의 리더였던 야히코의 시체를 나가토가 조종하고 있는것으로 그의 시체를 페인으로 만든 이유는 아카츠키의 초대 리더였던 야히코를 기리기 위해서다.

175.5cm | 40.1kg | A형 출신지:비 마을 출생:9월 19일 (처녀자리) 현 아카츠키의 리더이자 육도 페인을 조종하는 본체 차크라 수신기를 이용해 페인을 원격으로 조종하여 사실상 페인은 나가토라고 할 수 있다. 페인이 진지하고 정중한 성격을 지녔듯이 나가토 또한 그러하다. 건장한 성인의 체격을 가진 페인 육도들과는 달리 그들을 조종하는 나가토는 과도한 차크라소모등으로 인해 무척이나 수척한 모습을 하고 있다. 나가토의 모습은 비 마을 사람들은 물론 아카츠키 조직원들에게도 보여주지 않아 모두가 페인이 본체인줄 알고 착각하고 있다. 나가토의 진짜 모습을 알고있는건 가장 신뢰하는 관계인 코난정도를 제외하면 없다. 나가토는 제2차 닌자대전의 격전지였던 비 마을 출신의 전쟁고아였다. 부모를 잃고 유사한 처지의 야히코, 코난과 함께 살아가던 나가토는 비 마을에 머물던 지라이야의 제자가 되어 전쟁과 평화에 대한 철학적 가르침을 받고 생각하게 되었다. 지라이야가 떠난 후 평화주의 집단 '아카츠키'를 결성했으나, 비 마을 수장 한조의 계략으로 야히코가 사망하고 한조의 배신으로 그와 맺으려 한 평화 협정이 결렬되어 전쟁이 지속되는 것을 보자 상호 이해를 통한 평화는 불가능하다고 느낀 나가토는 지라이야의 가르침을 버리게 된다. 이후 나가토는 한조와 그 주변인을 몰살하여 내전을 종결하고 현 아카츠키, 비마을의 수장으로 군림하게 되었다. [비 마을에서는 페인을 '신', 코난을 '천사'로 숭배함.] (대외적으로는 한조의 죽음을 숨겨 정세를 위장) 아카츠키를 탈주닌자 중심의 테러 집단으로 재편. 탈주닌자 출신의 조직원들에겐 힘을 키워 세계를 지배한다는 거짓된 계획을 말하지만,미수 9마리를 모아 압도적인 병기를 만든 뒤, 강제적인 전쟁의 고통을 각인시켜 일시적 평화를 유지하려는 계획을 추진하고 있다. 인간관계 코난: 아카츠키의 홍일점이자 유일한 이해자. 야히코라는 소중한 인물을 함께 잃은 깊은 유대감을 바탕으로, 2인 1조로서 서로를 유일하게 챙기고 의지하는 관계. 야히코: 과거 신뢰하던 친구이자 아카츠키의 초대 리더. 그의 죽음이 나가토의 가치관을 결정적으로 비틀어버린 원인.