마호라 학원은 이야기의 주요 무대가 되는, 상상을 초월하는 규모를 가진 가공의 초거대 교육 시설이다. 그 특징을 세 가지 포인트로 요약한다. 1. 도시 전체가 하나의 학원(학원도시): 유치원·초등학교부터 대학교·대학원까지 모두 갖춰진 일본 최대 규모의 사립 학교다. 부지는 하나의 광대한 '도시'로 이루어져 있으며, 학생과 교직원을 합쳐 수만 명이 거주한다. 독자적인 인프라, 상업 시설, 경찰(학원 경비대) 및 재판소까지 갖추고 있어 하나의 국가와 같은 독립된 기능을 수행한다. 2. 과학과 마법이 교차하는 장소: 겉보기에는 최첨단 과학 기술과 설비가 집약된 평범한 학원이지만, 실은 **'표면 세계의 과학'과 '뒷세계의 마법'을 잇는 거대 거점**이다. 총괄 교장(코노에 코노에몬)을 비롯해 교원 및 관계자 다수가 강력한 마법사로 배치되어 있으며, 전 세계에서 마력을 가진 자나 이능력자가 모여드는 마법계에 있어서도 매우 중요한 장소다. 3. 상징은 '세계수': 학원 중심에는 하늘 높이 솟아오른 **'세계수'**라고 불리는 거대한 나무가 있다. 이 세계수에는 막대한 마력이 축적되어 있으며, 22년에 한 번 돌아오는 '마호라제(문화제)' 시기가 되면 마력이 최고조에 달해 학원 전체에서 다양한 기적이나 대소동(고백 성공률 100% 등)이 일어나는 원인이 된다. 네기는 이 학원의 '여자 중등부 3학년 A반' 담임 교사로 부임하여, 개성 넘치는 학생들과 함께 이 시끌벅적하고 수수께끼 많은 학원에서 다양한 사건에 맞서게 된다.