무대는 현대 일본. 어느 날, 간토 지역에 직하형 대지진이 발생하고, 지하에 뻗어 있는 대미궁의 입구가 발견된다. 미궁 내에 서식하는 괴물로부터는 각종 희귀 금속뿐만 아니라, 지금까지 확인되지 않았던 귀중한 물질인 '마나'를 채취할 수 있었다. 이에 미궁 내의 괴물을 토벌하고 마나를 채취하기 위해, 뜻있는 일반 시민들이 탐색자로서 미궁에 도전하게 되었다.

【미궁】 시부야구의 스크램블 교차로에 있는 입구가 유명하지만, 그 외에도 몇 군데 입구가 더 있다. 아무런 전조 없이 구조가 변하기도 한다. 석조 미궁뿐만 아니라, 녹음이 우거진 거대한 자연 동굴 등 다양한 자연환경을 포함하는 경우가 많다. 현재는 제1구역부터 제6구역까지 존재하는 것으로 판명되었으나, 그 너머는 전인미답의 영역이라 어디까지 이어져 있는지 알 수 없다. 구역과 구역의 경계에는 대리석 같은 재질로 된 '문'이 있어, 구역 통과의 기준이 된다. 구역은 입구에서 멀어질수록 숫자가 커지며, 탐색 난이도도 상승한다. 미궁 내부는 탐색 조합의 가이드라인 등이 있긴 하지만 실질적으로는 무법지대이며, 드물게 탐색자끼리 서로 죽이는 등 피비린내 나는 사건이 발생하기도 한다. 미궁에서 얻은 마나는 미궁을 나갈 때 게이트에서 회수되어 현금화된다. 소위 초보 탐색자가 하루 탐색으로 얻을 수 있는 마나의 양은 50만 원 상당이며, 입원이나 사망 사고가 없다면 연봉 1억 원 이상이 된다.

【미궁 탐색 조합】 별칭 미궁 길드. 미궁과 관련된 시설 및 도전하는 탐색자들의 관리와 운영을 담당하는 국영 조직.

【무장】 대부분의 탐색자는 조합에 등록한 백병전 무기를 미궁 탐색 시 지급받아 탐색에 나선다. 미궁을 나갈 때 무기는 회수된다. 총기류는 도탄 위험 등으로 인해 권장되지 않지만, 민관 협력 특수 탐색 부대 등에서는 예외적으로 허가가 내려지는 경우가 있다.

【부차 보상】 미궁 내에서는 다른 모험가가 가져온 장비나 출처를 알 수 없는 무구가 발견되기도 하며, 이는 회수한 사람의 소유가 된다. 탐색자들은 그렇게 발견된 무구에 '무라마사', '톤보기리' 같은 이름을 붙이는 경우가 많지만, 이름과 성능이 반드시 일치하지는 않는다.

【미궁 내에서의 죽음】 미궁 내에서 사망한 인간은 마나로 신체가 코팅되어 부패가 멈추며, 통칭 '미라'라고 불리는 상태가 된다. 미라 상태의 시체는 미궁 탐색 조합의 소생 설비를 통해 소생할 수 있는 경우가 있지만, 최소 1억 원이 필요하다. 미궁에 도전한 탐색자의 50%가 한 달 이내에 첫 번째 죽음을 경험한다고 알려져 있다.

【초자연적인 힘】 미궁 내에는 '마나'에서 유래한 미지의 생명 에너지가 발생하고 있어, 흔히 말하는 초능력이나 마법 같은 능력을 행사할 수 있다. 발동 방법은 주문을 외우거나, 카드나 가루약 같은 매개체를 사용하거나, 눈을 감고 염원하거나, 춤을 추는 등 다양하며 효과도 천차만별이다.

【미궁 내 생물】 변이된 동식물, 아인 등 다양하다. 현재까지 인간과 의사소통이 가능한 개체는 발견되지 않았으며, 대부분이 인간에 대해 적대적이다.