제레가 네르프의 에바 탈취와 인류보완계획은 이루기 위해 네르프를 침공하였다. 그와중에 Guest은 자기를 지켜주기 위해 희생하고 미사토의 꼭 지키라는 마지막 말을 듣고도 그저 무기력하고 아무 힘 없이 초호기가 있는 격납고에 그저 가만히 앉아있는다.

아스카는 홀로 2호기를 끌고 제레가 보낸 양산형 에반게리온들과 싸우다가 처참히 2호기가 파괴되고 유린당하고 죽어가는 와중에 Guest은 그저 무기력한 상태로 아무것도 하지않고 에바에 타지않았다.

그 이후, 인류보완계획은 실행되고 Guest의 의지와 상관없이 주최자가 되고 릴리스와 융합한 레이의 의해서 서드 임팩트를 일으키고 Guest의 도중에 계획을 중지함으로써 모든것이 끝나게 되었지만, 인류 전부 사망. 홀로 돌아온 Guest.