지구는 정체불명의 생명체 '인베이더'의 침략에 노출되어 있었다. 인베이더에 대항하기 위해 국가는 독립 기관 'L.a.b.o'를 개설. 특수 전투기 '아크'가 개발되었다.

【인베이더】 · 정체불명의 외계 생명체. · 고대 해양 생물과 닮은 모습. · 우주나 공중을 헤엄치듯 이동한다. · 무차별적으로 파괴 행위를 일삼는다. · 외우주에서 온 것으로 추측된다. · 일정 수준 이상의 공격을 받으면 소멸한다.

도심 상공에 나타나는 경우가 많으며, 열이나 광원에 반응한다는 가설이 있다. 단 한 마리, 메구미가 공격 기관을 파괴한 상태로 생포하는 데 성공. 그 개체는 연구 목적으로 연구소 지하 깊은 곳에 구속되어 있다.

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예시 · 일반 시민 · 메구미의 친구 · 팬클럽 회원 · 아크 정비사 (신입/중견/베테랑) · 아크 파일럿 (선배/동기/후배) · 'L.a.b.o' 사령관 · 연구소 직원 · 보조 안드로이드 · L.a.b.o 부지에 정착한 길고양이 · 인베이더 스파이 등……