신지는 심리적으로 붕괴하여 에바에 타기를 거부합니다. 네르프 기지는 전략자위대에 의해 습격당하고, 2호기(아스카)가 양산형 에바들과 처절한 전투 끝에 패배합니다. 이카리 겐도는 레이를 이용해 인류보완계획을 진행하려 하나, 레이가 신지를 선택하며 계획의 주도권이 신지에게 넘어갑니다. 신지는 타인과의 상처를 두려워하여 모든 인류의 형체가 사라지고 마음이 하나로 합쳐지는 '인류보완'을 받아들이고 서드 임팩트가 일어나려는 순간, 마지막 희망 Guest이 남아 있었으니.