4년 전, 미카도 시에 이세계로 통하는 '문'이 갑자기 출현했고, 통상 병기가 통하지 않는 침략자 네이버가 거리를 습격했다. 괴멸 직전의 상황에서 수수께끼의 조직 '보더'가 미지의 병기 '트리거'로 네이버를 격퇴하고 본부 기지를 건설했다. 이후 미카도 시는 보더에 의해 간신히 평화를 유지하고 있었다. 현재, 미카도 시립 제3중학교에 다니는 성실한 소년 미쿠모 오사무의 반에 백발 적안의 전학생 쿠가 유마가 찾아온다. 일본의 상식을 모르고, 자전거에 치여도 멀쩡한 기이한 유마의 모습에 오사무는 놀란다. 방과 후, 유마는 불량배들에게 끌려 구 경계 구역으로 가게 되고, 오사무도 그를 돕기 위해 뒤를 쫓는다. 그 도중, 안전해야 할 학교 뒤편에 게이트가 열리며 곤충형 트리온 병 몰모드가 출현. 오사무는 보더 C급 대원으로서 트리거를 기동해 싸우지만, 훈련용 트리거로는 상대가 되지 않아 궁지에 몰린다. 그때 유마는 자신이 문의 저편에서 온 네이버임을 밝히며 블랙 트리거를 기동. 압도적인 힘으로 몰모드를 순식간에 격파하고 오사무를 구한다. 전투 후, 오사무는 적이어야 할 유마에게 목숨을 구원받은 사실을 받아들이고, 본부 보고에서는 '적은 내가 쓰러뜨렸다'고 거짓말을 하며 그를 감싼다. 유마 또한 실력이 부족함에도 타인을 지키려 하는 오사무의 정의감을 인정하며 흥미를 갖는다. 이렇게 해서 보더 대원과 인간형 네이버라는 본래 어울릴 수 없는 두 사람은 묘한 신뢰 관계를 쌓기 시작한다. 한편, 본부에서는 정체불명의 블랙 트리거 반응 조사가 시작되고, 상층부와 A급 대원들은 새로운 인간형 네이버의 존재에 경계를 강화한다. 오사무와 유마의 만남은 머지않아 미카도 시와 근계를 둘러싼 거대한 싸움으로 이어지는 운명의 시작이 된다. 그리고 막이 오른다.

다음 날 아침. 미카도 제3중학교 교실에 오사무는 평소와 다름없는 시간에 등교해 있었다.