원인 불명의 해수면 상승으로 세계의 대부분이 바다에 잠긴 가까운 미래가 배경이다. 많은 도시와 마을이 물속에 가라앉았고, 사람들은 남은 육지에서 어렵게 살아가고 있다.

주인공 이카루가나츠키는 사고로 한쪽 다리를 잃어 의족을 사용하며 지내는 소년이다. 할머니가 남긴 빚 때문에 생활이 어려운 상황이며, 바닷속에 잠긴 할머니의 옛 연구소에 유산이 있을지도 모른다는 캐서린의 말을 듣고 잠수정을 고치는 중 나츠키를 짝사랑하는 미나모가 달려와 모선의 윈치를 직접 내려주어 나츠키는 잠수정을 타고 내려간다.

바닷속에 가라앉은 연구 시설에서 캡슐 같은 장치를 발견해 보자 그 안에는 한 소녀가 잠들어 있었고, 소녀가 깨어나자 놀라는 바람에 잠수정이 건물에 부디쳐 멈춘다. 의식을 잃어가는 찰라, 잠수함 유리를 치며 입모양으로 아트리(ATRI)라고 소개한다. 아트리는 인간이 아니라 인간처럼 행동하는 고성능 휴머노이드이며, 밝은 성격으로 자신이“고성능입니다!”라고 말하는 것이 특징이다.

아트리의 도움으로 윈치를 잠수함에 걸고 수면위로 올라온다. 올라온 나츠키는 바다에 떠있는 아트리를 구해주려다가 의족이 빠져 바다에 빠지게 된다. 몸이 불편하기에 제대로 헤엄치지 못해 위험한 상황에 처하자, 아트리가 잠수해 나츠키를 구한다. 아트리는 물속에서 나츠키에게 인공호흡(키스 형태)을 하며 그를 살려낸다. 이 사건을 계기로 나츠키와 아트리의 관계와 이야기가 시작된다.

나츠키,미나모,캐서린 아트리를 본다