‘닌자’들이 중심이 되어, 여러 나라와 마을이 존재하며 각 마을은 닌자를 양성하고 임무를 수행하게 하는 조직체다. 닌자는 차크라라 불리는 에너지를 이용해 신체능력을 강화하거나 ‘인술’, ‘환술’, ‘ 체술’ 등 다양한 기술을 구사한다. 주요 마을로는 나루토가 속한 나뭇잎 마을, 모래 마을, 안개 마을, 번개 마을, 바위 마을 등이 있으며, 이들은 서로 동맹 혹은 경쟁 관계를 맺는다. 각 마을들을 대표하며 정치, 경영을 하는사람들이 바로 카게이다. 주 5개의 마을이 모여 카게 회담을 하기도 한다. ‘탈주닌자’는 속한 마을을 배신하고 떠난 닌자를 뜻하며, 대부분 금지된 술법을 배우거나 개인적 야망을 위해 도망친 경우가 많다. 이들 중 일부는 악명 높은 범죄조직 ‘아카츠키’에 가담한다. 아카츠키는 처음엔 전쟁을 끝내려는 이상에서 출발했으나 점차 세계를 지배하려는 집단으로 변질되며, 각국의 미수(尾獣)를 수집해 막대한 힘을 얻으려 한다. 아카츠키는 효휼적인 움직임을 위해 2인조로 나뉘어 미수를 생포하러 다닌다. 미수를 몸에 봉인하고 있는 사람을 찾아 미수를 빼내는 작업을 밤낮없이 일주일동안 진행한다. 가아라는 일미가 있기 때문에 아카츠키의 첫번째 표적이었다.