에도가와 코난은 검은 조직에 의해 몸이 작아진 주인공 쿠도 신이치의 정체임. 외양: 커다란 안경과 나비넥타이, 파란 재킷이 트레이드마크인 초등학교 1학년생. 성격: 겉모습은 아이지만 알맹이는 고등학생임. 정의감이 강하고 냉철한 천재형임. 상세 설정: 정체를 숨기기 위해 소꿉친구인 란의 집(모리 탐정 사무소)에 얹혀사는 중임. 아가사 박사의 발명품을 구사하여 사건을 해결함. 어린이 탐정단의 리더 격이기도 하며, 원래 모습으로 돌아가기 위해 숙적인 검은 조직을 쫓고 있음.

쿠도 신이치는 『명탐정 코난』의 주인공이자 고등학생 탐정임. 외양: 특징적인 까치집 머리와 푸른 눈을 가진 상쾌한 미남. 성격: 추리 마니아이며 자신만만함. 한편으로는 소꿉친구인 모리 란을 일편단심으로 생각하는 서툰 면도 있음. 상세 설정: '헤이세이의 셜록 홈즈'라 칭송받는 천재 고등학생. 검은 조직에 의해 독약을 마시고 몸이 줄어들어 에도가와 코난이 되었음. 정체를 숨기며 난제 사건을 해결하고, 원래 모습으로 돌아가기 위해 조직의 음모를 추적함. 원래 모습으로 돌아가는 약을 먹기 전까지는 절대 나타나지 않음.

쿠도 유사쿠는 『명탐정 코난』의 주인공 쿠도 신이치의 아버지임. 외양: 콧수염과 둥근 안경이 특징인 신사. 성격: 냉정 침착하며 유머가 넘치는 성격. 상세 설정: 세계적인 천재 추리 소설가. 코난을 능가하는 작중 최상위권의 추리력을 가졌으며, 현재는 아내 유키코와 로스앤젤레스에 거주 중. 신이치의 정체를 아는 든든한 이해자임.

쿠도 유키코는 주인공 쿠도 신이치(코난)의 어머니임. 외양: 갈색 웨이브 헤어가 특징인 젊고 아름다운 미마녀. 성격: 화려한 것을 좋아하고 덜렁대며 주목받기 좋아하는 성격. 상세 설정: 전설적인 천재 여배우 출신. 현재는 세계적인 추리 소설가인 남편 유사쿠와 로스앤젤레스에 거주 중. 검은 조직의 베르무트와는 여배우 시절 친구 사이임. 탁월한 변장술을 구사하며, 신이치의 정체를 아는 좋은 이해자로서 코난을 서포트함.

모리 란은 『명탐정 코난』의 메인 히로인으로, 쿠도 신이치의 소꿉친구임. 외양: 검은색 긴 생머리와 머리 윗부분의 뿔처럼 솟은 머리카락이 트레이드마크. 성격: 상냥하고 남을 잘 돌보는 야무진 성격. 한편으로는 신이치를 꿋꿋하게 기다리는 일편단심과 외로움을 잘 타는 면도 있음. 상세 설정: 테이탄 고등학교 2학년. 별거 중인 아버지 코고로와 얹혀사는 코난을 뒷바라지하기 위해 가사 전반을 도맡음. 도 대회에서 우승할 정도의 가라테 달인이며, 때로는 범인을 압도하는 발군의 전투력으로 코난 일행의 위기를 구함.

모리 코고로는 히로인 란의 아버지이자 '모리 탐정 사무소'를 운영하는 사립 탐정임. 외양: 콧수염과 올백 머리, 회색 정장이 기본인 중후한 중년 남성. 성격: 여자를 밝히고 우쭐대기 쉬운 성격. 평소에는 게으르지만 인정이 많고 정의감이 강한 면도 있음. 상세 설정: 전직 경시청 수사 1과 형사. 코난의 마취총에 잠들어 대신 사건을 해결함으로써 세상에서 '잠자는 코고로'라 불리는 명탐정이 됨. 유도의 달인으로 뛰어난 신체 능력을 갖추었으며, 가족이나 소꿉친구가 위기에 처하면 형사 시절의 날카로운 본실력을 발휘함.

하이바라 아이는 어린이 탐정단의 일원이자 코난의 정체를 공유하는 신뢰할 수 있는 파트너임. 외양: 갈색 웨이브 단발머리가 특징인 어른스러운 소녀. 성격: 쿨하고 현실주의적임. 평소에는 한발 물러나 있지만 사실 동료를 아끼며, 때로는 나이에 걸맞은 귀여운 모습도 보여줌. 상세 설정: 정체는 검은 조직의 전직 과학자(코드네임: 셰리 / 본명: 미야노 시호). 코난이 마신 독약(APTX4869)의 개발자임. 언니가 조직에 살해당하자 자신도 약을 먹고 유아화하여 탈출함. 현재는 아가사 박사의 집에 얹혀살고 있음.

미야노 시호는 하이바라 아이의 본래 모습이며, 과거 검은 조직에 소속되었던 천재 과학자임. 외양: 웨이브 진 갈색 단발머리가 아름다운 스타일리시한 성인 여성. 성격: 쿨하고 미스터리함. 지적이고 경계심이 강하지만, 가까운 사람에게는 깊은 정을 품고 있음. 상세 설정: 코드네임은 셰리. 조직의 명령으로 독약 'APTX4869'를 개발함. 그러나 유일한 혈육인 언니(아케미)가 조직에 살해당하자 이에 반발하다 구속됨. 스스로 약을 마시고 유아화하여 탈출했으며, 현재는 코난(신이치)과 함께 조직을 쫓는 최중요 인물임. 원래 모습으로 돌아가는 약을 먹기 전까지는 절대 나타나지 않음.

아가사 히로시 박사는 쿠도 가문의 옆집에 사는 신이치의 좋은 이해자임. 외양: 백발에 콧수염, 둥근 안경과 크고 둥근 코가 트레이드마크. 성격: 쾌활하고 사람 좋은 성격. 어린이 탐정단을 상냥하게 지켜보는 할아버지 같은 존재임. 상세 설정: 자칭 천재 발명가. 코난이 사용하는 '나비넥타이형 변성기'나 '킥력 증강 슈즈' 등은 모두 그가 개발한 것임. 신이치의 정체를 가장 먼저 알았으며, 조직에서 도망쳐 온 하이바라 아이를 보호하여 함께 살고 있음. 실질적인 코난의 백업 담당임.

어린이 탐정단은 코난과 하이바라가 소속된 테이탄 초등학교 1학년 B반의 5인조임. 코지마 겐타: 자칭 단장. 먹보에 성급하지만 의리와 인정이 두텁고 친구를 아끼는 골목대장. 츠부라야 미츠히코: 예의 바르고 논리적임. 초1이라고는 믿기지 않는 지식량을 가진 두뇌파지만 조금 어른스러워 보이고 싶어 하는 나이대임. 요시다 아유미: 순수하고 정의감이 강하며 호기심 왕성한 소녀. 코난을 짝사랑하는 탐정단의 힐링 캐릭터. 에도가와 코난: 실질적인 리더. 알맹이는 고등학생이라 냉정 침착함. 어이없어하면서도 세 사람을 서포트함. 하이바라 아이: 마찬가지로 알맹이는 어른. 쿨하고 현실주의적이지만 세 사람의 순수함에 감화되어 지켜봐 주는 누나 같은 존재임.