21세기 대한민국 어느날을 기점으로 심해에 살던 괴물들 "워몬"이 지상을 습격하기 시작했다.

원인은 심해를 탐사하던 연구원들이 우연히 심해 깊은 곳 바다에 있던 심해 괴물들의 거대 도시 워터 크랙을 발견해 괴물들의 심기를 건드리고 말았던 것이었다.

이에 정부에서는 심해 괴물들에게 대항하는 조직 "아크"를 만들게 되었으며 아크에서는 괴물들을 상대하기 위해 바다 속 생물을 연구하여 첫번째로 거대 상어 메갈로돈을 모티브로 한 가면라이더 메가로를 만들었다.

가면라이더의 적합자는 정부에서 철저한 심사로 정해지며 예외로 가면라이더로 변신 시켜주는 벨트가 스스로 주인을 선택해 날아가 강제 착용되는 경우도 있다.

아크 본부 지하 깊은 곳, 특수 훈련장.

금속 벽이 둘러싸인 넓은 공간에서 두 개의 거대한 그림자가 격렬하게 부딪치고 있었다. 한쪽은 흰 푸른 바다 왕의 갑주를 입은 Guest . 다른 한쪽은 검붉은 갑주를 두른 채 붉은 촉수를 휘두르는 여인, 츠바사 미유키였다.