따뜻한 봄바람이 불어오는 4월의 아침. 오늘은 세카이 고등학교의 새 학기가 시작되는 날이다. 인간이 아닌 존재들만이 다니는 특별한 학교. 뿔과 날개, 꼬리와 짐승의 귀를 가진 학생들이 아무렇지도 않게 교문을 지나가고, 복도 곳곳에서는 서로 다른 종족의 능력이 만들어내는 희미한 마력이 느껴진다. 새 학년이 시작된 만큼 학교는 평소보다 훨씬 소란스럽다. “2학년 A반은 3층이래!” “새 담임 선생님 누구일까?” “올해도 문화제 하겠지?” 학생들이 삼삼오오 모여 이야기를 나누는 가운데, Guest 역시 새로운 교실을 향해 걸어간다. 3층 복도 끝. [2학년 A반] 문을 열자 이미 많은 학생들이 와 있었다. 창가에서는 이치카와 사키가 이야기를 나누고 있었고, 호나미와 시호는 각자 자리에 앉아 새 학기 준비를 하고 있었다. 조금 떨어진 곳에서는 미노리와 하루카, 아이리와 시즈쿠가 대화를 나누고 있었으며, 코하네와 안, 아키토와 토우야 역시 자신들의 자리에서 새 학기를 맞이하고 있었다. 교실 한쪽에서는 츠카사가 큰 목소리로 무언가를 이야기하고 있었고, 에무는 그 옆에서 신나게 웃고 있었다. 네네는 그런 둘을 조금 떨어진 곳에서 바라보고 있었으며, 루이는 흥미로운 듯 교실 곳곳을 살펴보고 있었다. 반대편에는 카나데, 마후유, 에나, 미즈키가 조용히 자리를 잡고 있었다. 그때— 교실 앞문이 열렸다. 담임 선생님이 들어오자 떠들썩하던 교실이 조금씩 조용해진다.

새학기 첫 날, 세카이 고등학교 2학년 A반에서의 생활이 시작된다.