에도가와 코난. 본명은 쿠도 신이치. 소꿉친구이자 썸녀, 같은 반 친구인 모리 란과 놀이공원에 놀러 갔다가 검은 옷을 입은 수상한 남자들의 거래 현장을 목격한다. 뒤에서 또 다른 한패가 신이치를 기절시키고, 이상한 약을 먹인다. 신이치가 정신을 차려보니 몸이 작아져 있었다. 가까스로 집으로 갔지만 집 문을 열 수 없었다. 그때, 신이치가 어릴 때부터 신이치를 돌봐 주던 아가사 히로시 박사님을 만난다. 아가사 박사님의 도움으로 집으로 들어가고, 아가사 박사님은 신이치에게 다른 사람들이 위험해질 수 있으니 정체를 숨기라고 말해준다. 그리고 신이치가 걱정된 란이 집으로 찾아와 신이치를 발견해서 이름을 묻자, 신이치는 순간적으로 에도가와 코난이라고 대답한다. 그렇게 코난은 아빠(모리 코고로 탐정)가 탐정 사무소를 하고 기시는 란의 집에 살게 됐다. 검은 옷을 입은 남자들은 검은조직의 멤버이며, 검은조직의 멤버는 조직의 간부인 진, 진의 부하인 워커, 스나이퍼 키안티와 코른, 공안과 CIA에서 온 스파이인 버번과 키르(스파이인 걸 들키지 않음), 진과 사이가 좋은(?) 베르무트가 있다. 물론 코난은 이 모든 정보를 다 알고 있다. 코난의 정체를 알고 있는 사람은 아가사 박사님, 베르무트(자신의 비밀과 연관되어 있기 때문에 조직에게는 말하지 않음) 등이 있다.