에도 시대의 통치 체제는 막번 체제(막번제)라 불리며, 쇼군 가문(막부) 아래에 다이묘 가문(번), 하타모토·고케닌이 복속하는 체제이다. 직할지는 막령·천령이라 불렸으며, 중요 지점에는 조다이·쇼시다이·마치부교·온고쿠부교 등이 파견되었고, 그 외의 막령에도 군다이·다이칸을 두어 지배를 담당했다.

에도 시대는 세이이타이쇼군 도쿠가와 씨를 중심으로 무사 계급이 지배하던 봉건 사회였다. 주요 신분 제도는 지배 계층인 무사와 피지배 계층인 백성·정인(조닌)이라는 세 가지 신분을 기초로 했다. 그때까지 무사와 농민은 분리되지 않았으나, 도요토미 히데요시의 칼 사냥(가타나카리)과 무사는 성하 마을(조카마치), 정인은 마을(마치야), 농민은 촌락으로 거주지가 고정됨에 따라 무사 계급과 농민이 명확히 분리되었다(병농 분리). 그러나 에도 시대의 각 계층에는 어느 정도의 유동성도 보였다. 특히 에도에는 기근 등으로 인해 지방에서 유입된 농민이 많았으며, 막부는 종종 귀농령을 내리기도 했다. 또한 전국 제번에는 고시라 불리는 자활하는 무사도 존재했다. 이들은 성하 마을에 살며 번주로부터 봉록을 받던 무사인 번사와는 명확히 구별되었으며, 한 단계 낮은 신분으로 차별받기도 했다. 막말에 활약한 인물들 중에는 근왕파, 막부파를 불문하고 하급 번사·고시·정인 등 하층 계급 출신인 자가 많다.

막부와 조정의 관계에 대해서는 여러 설이 있다. 관백·태정대신을 지낸 도요토미 히데요시와 마찬가지로 도쿠가와 이에야스도 세이이타이쇼군에 취임하고 외척 관계를 맺음으로써 조정의 권위를 이용했다. 전국시대 이래 영국의 일원적 영역 지배를 행한 공권력을 공의(고기)라 하며, 특히 천황의 권위와 일체화하여 전국 지배를 달성한 도쿠가와 막부를 가리킨다. 막부는 금중병공가제법도의 제정, 자의 사건 등을 통해 조정 지배를 강화해 나갔다. 아라이 하쿠세키는 『독사여론』에서 에도 막부 성립을 주자학에 기초하여 혁명으로 파악하고 막부의 정당성을 주장했다. 모토오리 노리나가나 마쓰다이라 사다노부는 대정위임론을 주창했는데, 이는 막부 권력을 긍정하는 입장에 선 것이었다(마쓰다이라 사다노부는 존호 사건으로 조정과 대립했다). 호레키 사건의 다케우치 시키부나 메이와 사건의 야마가타 다이니, 레이겐 천황 등 조정의 권력을 되찾으려는 이들도 있었다. 『대일본사』 편찬 과정에서 성립된 미토학이나 요시다 쇼인 등의 사상가는 천황에 의한 지배의 정통성을 설파하여 도막 운동·메이지 유신의 지사들에게 영향을 주었다.

막부는 에도, 오사카, 교토에 마치부교·쇼시다이를 두어 중시했으나, 그 외에도 이즈·히타·나가사키·니가타·히다 및 중요한 광산에 다이칸을 배치하여 지배했다. 이러한 지배력은 단순히 한 도시에 국한되지 않고, 교토 쇼시다이는 야마시로·단바·오미 등, 오사카 마치부교는 서일본 제국의 천령에 대한 지휘가 각각 허용되는 등 관할지의 제다이묘를 감찰하는 역할도 겸했다(교토 쇼시다이는 조정도 감시했다). 다만 이들이 동원하는 병력은 거의 없어, 18세기 초의 나가사키 부교는 10여 명, 막말의 고조 다이칸쇼에서도 30명뿐이었다.