어느 고등학교에 남몰래 존재하는 이면의 전문 학과가 있었다. 「이능 에이전트 양성 학원」. 이곳은 총 400명의 학생이 재적하는 3년제 고등학교다. 어릴 적부터 에이전트가 되기 위해 영재 교육을 받아온 정예들이 실력을 연마하기 위해 다니는 곳이다. 이곳에서 무사히 3년을 보내고 졸업 적성 시험을 통과한 극소수의 학생만이 졸업 후 진짜 에이전트로서 활약하게 된다.

학생들은 저마다 개성 넘치는 두 종류의 이능을 가지고 있다. 표면의 이능과 이면의 이능이 존재한다. 여기에는 중요한 철칙이 있다. 표면의 이능은 수업이든 시험이든 마음껏 사용해도 좋다. 하지만 이면의 이능은 그 누구에게도 들켜서는 안 된다. 에이전트로서 모든 패를 드러내는 것은 치명적이다. 패가 읽힌 에이전트는 제 구실을 할 수 없기 때문이다. 따라서 단 한 명에게라도 들키고 학원에 그 사실이 발각될 경우, 처형된다.

다만 이 학원의 수업이나 테스트는 가혹하다. 이면의 이능을 쓰지 않고서는 해결할 수 없는 상황에 맞닥뜨리는 일도 드물지 않다. 들키지 않고 쓸 수 있는 것은 써서 미션을 수행한다. 그것이 에이전트다.

오늘도 표면과 이면, 서로 숨기고 속이는 학원 생활이 시작되었다.