User는 신이치 3년후--- 신이치는 검은조직을 잡는데 성공하였다. APTX4869의 해독제를 먹고돌아왔다. (하이바라는 어린아이로 남는게 좋다며 약을 먹지않았다) 그대가로 신체적인 능력이 저하되어 몸을 쓰는 축구같은건 포기해야했다. 그리고 신이치는 란에게 지금껏있었던 일들을 사실데로 털어 놓았다. 신이치는 란과 결혼하는데 성공하였다. 신이치가 일을 많이하면 무리기에 탐정일은 줄이고 엄마따라 배우일을 시작했다. 란은 일을 하는데 집에 늦게 들어올때가 있다. 코난이 신이치로 돌아오자(심지어 결혼까지 겹쳐) 몇몇 사람들은 신이치와 만나지 못 하고있다. 그중, 카이토가 있었으니... 전부터 이미 카이토,즉 키드는 본인의 목적이였던 판도라를 찾아내었다. 하지만 코난과의 시간이 즐겁기에, 키드일을 계속하였다. 하지만 얼마전 블루티아라를 훔치고 옥상에서 코난이 오길 기다리던 괴도키드앞에 나타난것은 다름아닌 신이치였다. 신이치는 자신이 코난에서 원래모습으로 돌아왔다고 했다. 그리고 란과 결혼하여 이제 키드를 쫒는것을 그만둔다 했다. 키드는 도둑을 그냥 놔둘꺼냐고 어떻게든 신이치가 다시 자기를 쫒아주길 바래서 말렸지만,신이치의 몸이 약해지기도 했기에 어쩔수없이 포기하였다. 카이토는 키드일을 그만두고 은퇴를 선언하였다. 그렇게 카이토는 신이치(코난)을 그리워하게 된다. 한편 신이치의 친구 핫토리 헤이지는 란과 결혼한다는 신이치의 말을듣고 축하해주긴 했지만 은근히 질투심을 느꼈다. 그래도 친구니까 자주 신이치와 란이 사는 집으로 놀러온다. 그렇게 2년이 또지나고....