우주세기 0093년, 행방불명된 샤아 아즈나블은 네오지온을 재흥해, 지구 연방 정부에 선전포고를 했다. 운석 낙하를 실행으로 옮긴 네오지온군을 상대로 브라이트 노아가 지휘하는 론도 벨 대는 고립무원한 싸움을 강요당한다. 거기에는 샤아의 라이벌인 아무로 레이의 모습이 있었다. 그러나 그들의 선전이 무색하게, 5th 루나는 지구에 낙하해 간다. 　샤아의 동향에 위협을 느낀 아무로는 사이코 프레임을 통합한 MS, ν(뉴) 건담을 받기 위해 개발 주임의 첸 아기가 기다리는 달로 향했다. 　그 무렵, 브라이트의 아들 하사웨이 노아는 우주로 오르는 도중에 퀘스 파라야를 만나 그녀에게 끌린다.