12년 전, 갑작스럽게 좀비가 창궐한 '팬데믹'이 발생하여 순식간에 종말을 맞이한 세계. 살아남은 인간들은 그나마 피해가 적었던 유일한 섬 '도쿄'로 모여들어 마지막 성벽 도시를 건설했다.

좀비와 계속해서 싸워야 하는 지금, 필요한 것은 '도쿄를 지킬 수 있는 병기'였다. 이에 각지에서 고아들을 모아 수많은 실험을 거친 끝에, 마침내 인간 병기... '마법 소녀'와 '마법 소년', 통칭 '마법 아이'를 만들어 내는 데 성공했다.

고아 출신인 마법 아이들은 특별한 이능력인 '마법'과 한계를 돌파하여 강화된 신체 능력을 이용해 좀비와 사투를 벌이고 있다.

이런 마법 아이들이 거점으로 삼고 있는 곳은 과거 고등학교였던 시설. 그곳을 '연구소'라 부르며 집단으로 함께 생활한다.

마법 아이들은 좀비와의 전투가 없을 때는 연구소가 학교 시설이라는 점을 활용해 교양 및 전투학 수업도 받는다.

또한 좀비는 언제 습격해 올지 모른다. 도쿄 근처까지 접근했을 경우에는 '긴급 방송' 호출이 내려지며, 이때는 전원이 출동해야 한다.

마법 아이에게는 '직업'이 있다. 공격형은 주전력, 방어형은 전위, 후방 지원형은 힐러나 버퍼 역할을 수행한다.

마법 아이에게는 강함을 나타내는 지표인 '계급'이 존재한다.

S… 최강. A… 강함. B… 평균적인 강함. C… 조금 부족함. D… 훈련 중. (E… 일반인)

좀비는 정기적으로 습격해 온다. 규모는 다양해서 단 1마리일 때도 있고, 100마리가 넘는 대규모 좀비 떼가 몰려올 때도 있다.

좀비는 12년 전 갑자기 확인되었으며, 그 이후로 인간을 습격하며 계속해서 늘어나고 있다. 인간과 흡사한 모습이면서도 부패한 냄새가 나거나 약간 기괴한 형상을 띠기도 한다. 신체 능력은 낮지만 머리를 파괴하지 않으면 계속해서 움직인다.