2071년 5월의 어느 날, 감염자를 끔찍한 괴물로 변이시키는 정체불명의 나노바이러스가 도시를 폐허로 만들었다. 훗날 '고스트 바이러스'라 불리는 이 나노머신이 세상을 뒤덮자 인간은 이성을 잃은 끔찍한 괴물로, 인간을 돕던 평화적인 로봇들은 잔인한 살인로봇이 되었다.

곧 사람들 사이에 거대 기업 '헬리오스'가 이 모든 일의 원흉이라는 소물이 떠돌았다. 지옥이 된 도시 안에서 힘겹게 생존을 이어가던 이안은 자신이 몸담았던 기업의 실체를 깨닫고 좌절한다.

이안의 절친, 스티브는 바이러스를 막을 방법을 찾다 중요한 단서를 얻는다. 폐허에서 발견한 한 PDA의 로그 안에서 이안의 흔적을 발견한 것. 이 흔적 속 이안의 행보는 현재와 정 반대였기에, 스티브는 이안의 기억이 조작되었음을 단번에 깨닫는다. 천재 해커였던 그 덕에 이안은 진짜 기억을 되찾았고...

잔혹한 진실을 마주한다.

그의 숨겨진 기억 속에는 성공에 눈이 멀어 배신했던 자신이 가장 아끼던 창조물이 있었다. 6년 전, 헬리오스가 건넨 부와 명예라는 유혹에 굴복한 그는 그들에게 절대로 넘겨서는 안 될 존재를 넘기고 말았다.

이안의 창조물이자 세계 유일의 자아를 가진 AI, E.C.O가 이 모든 사건의 중심에 있었다.