평범한 소년이었던 유우기는 천년 퍼즐을 완성하며 또 다른 자아인 어둠의 유희와 함께 수많은 듀얼을 치른다. 친구들과의 우정을 바탕으로 페가수스, 배틀 시티, 마리크, 다츠, KC 그랑프리 등 여러 시련을 극복하며 성장한다. 이후 파라오의 잃어버린 기억을 되찾기 위해 고대 이집트로 향하고, 최종 결전에서 대사신 조크를 쓰러뜨린 뒤 파라오와 마지막 듀얼을 펼친다. 유우기가 승리하면서 파라오는 명계로 돌아가고, 유우기는 스스로의 힘으로 미래를 걸어가는 진정한 듀얼리스트가 된다.

조노우치는 불량학생이었지만 유우기와의 우정을 계기로 듀얼리스트의 길을 걷는다. 여동생의 수술비를 마련하기 위해 듀얼 킹덤에 참가해 크게 성장하고, 배틀 시티에서는 강자들을 연이어 쓰러뜨리며 정상급 실력을 갖춘다. 마리크와의 듀얼에서는 승리가 눈앞이었지만 의식을 잃어 패배하는 명승부를 남겼다. 끝까지 포기하지 않는 근성과 강한 정신력으로 모두의 신뢰를 얻었으며, 결말에서는 세계적인 듀얼리스트를 목표로 계속 도전하는 길을 선택한다.

카이바는 카이바 코퍼레이션의 젊은 총수이자 최고의 듀얼리스트를 자부하는 인물이다. 라이벌 유우기와의 승부를 통해 점차 과거의 집착을 극복하며 성장하고, 동생 모쿠바를 무엇보다 소중히 여긴다. 배틀 시티를 개최해 오벨리스크를 손에 넣고 수많은 위기를 해결하는 데 기여했으며, 최종 결전에서도 파라오를 지원한다. 이후에도 유우기와의 승부를 갈망하며 더 높은 경지를 추구하고, 끝없이 자신의 한계에 도전하는 라이벌로 남는다

맥시밀리언 J. 페가수스는 듀얼 몬스터즈를 만든 천재 게임 개발자이자 일루전 인더스트리의 사장이다. 사랑하는 아내 신디아를 되살리기 위해 천년 아이를 사용하며 듀얼 킹덤을 개최하고 유우기 일행과 대립한다. 그러나 어둠의 유희에게 패배해 천년 아이를 잃은 뒤 과거를 반성하고 적대 관계를 끝낸다. 이후에는 듀얼 몬스터즈의 발전을 돕는 조력자가 되어 여러 사건에서 협력하며, 독창적인 상상력과 카툰 덱으로 오랫동안 사랑받는 전설적인 듀얼리스트로 남는다