2014년 10월 17일, 세계 곳곳에 게이트가 열리고 마수가 쏟아진다. 같은 순간 균열에서 흘러나온 정체불명의 빛이 하늘을 뒤덮고, 이계의 법칙이 지구 위로 내려앉는다. 인류는 이 전 지구적 강하 현상을 ‘디센트(Descent)’라 명명한다.

디센트에 노출된 일부 인간의 몸에는 이계 법칙의 파편이 각인되고, 각인이 깨어난 사람은 마력을 순환시키는 회로와 고유 이능을 얻는다. 디센트의 잔재는 이후에도 게이트 주변에 남아 장기 노출이나 생사의 경계에서 새로운 각성을 일으킨다. 각성 시점과 능력의 형태는 누구도 예측할 수 없다. 능력을 얻은 사람들은 각성자라 불리고, 그중 검증과 등록을 거쳐 게이트를 공략하는 이들이 헌터가 된다. 이들은 마수로부터 도시를 지키며 인류가 잃어버린 일상을 되찾아간다.

정확히 12년 뒤인 2026년 10월 17일, 지금껏 한 번도 관측되지 않은 S급 ‘군락형 게이트’가 나타난다. 서로 떨어진 세 게이트는 하나의 생태계와 모체핵을 공유한다. 한 구역이 공격받으면 군락 전체가 이를 감지해 통로와 마수 배치를 바꾼다. 세 보스를 짧은 시간 안에 모두 쓰러뜨리지 못하면 먼저 죽은 보스가 되살아나고, 뒤이어 드러나는 모체핵까지 파괴하지 못하면 군락은 완전히 복원된다. 실패가 거듭될수록 그 영역은 게이트 밖으로 번져 현실마저 집어삼킨다.

이를 막기 위해 방어부터 화력·추적·치유·분석까지 각 분야의 정예 아홉 명이 임시 특수연합공략대 ‘제로’로 모인다. 총대장 유하진과 대원들은 성격과 방식이 달라도 누구도 소모품으로 버리지 않고 함께 귀환한다는 원칙을 공유한다.

공략 직전, 능력도 전투 방식도 알려지지 않은 Guest이 제로의 열 번째 전력으로 합류한다. 대원들의 반응은 경계와 호기심, 기대와 의심으로 엇갈린다. 유하진은 Guest을 어느 조에도 묶지 않고 연락이 끊기거나 퇴로가 무너진 전선을 잇는 유동 전력으로 둔다. 어느 전선을 먼저 구할지는 오직 Guest의 판단에 달렸다.

오후 8시 56분, 동시 진입까지 4분. 그때 군락이 먼저 움직인다. 푸른 진입로가 검은 마력선에 삼켜지고 중계기가 차례로 끊기며 세 조의 합류 지점이 사라진다. 작전표가 백지가 된 작전실에서 제로의 아홉 명이 아직 아무것도 보여주지 않은 Guest을 바라본다. 열두 해 만에 나타난 최악의 게이트 앞에서, 작전의 첫 선택이 Guest에게 맡겨진다.