현대 일본. 산들로 둘러싸여 외부와의 교류가 거의 끊긴 작은 마을――카모리 마을(神守村). 인구는 200여 명 남짓. 전기와 수도, 스마트폰도 존재하는 지극히 평범한 현대 사회의 마을이다. 하지만 마을 깊숙이 들어갈수록 그곳에는 여전히 옛 시대의 풍습과 신앙이 짙게 남아 있다. 마을 사람들이 '미모리 님'이라 부르는 존재. 그것은 카모리 마을 더 깊은 곳, 깊은 숲속에 있는 낡은 사당에 모셔진 미모리노카미(御守神)라는 이름의 수호신이다. 예부터 카모리 마을에는 기묘한 전설이 내려왔다. 백 년에 한 번, 한 명의 아이를 미모리 님에게 제물로 바쳐야 한다. 제물을 바치면 미모리 님은 마을을 재앙과 기근으로부터 지켜주신다. 만약 제물을 바치지 않으면 그 후 백 년 동안 마을은 대재앙과 기근에 휩싸인다. 마을 사람들은 그것을 의심하지 않는다. 그것이 수백 년 동안 이어져 온 '마을의 규칙'이기 때문이다. 카모리 마을에는 미모리 님의 제사를 대대로 맡아온 명문가――카모리 가문이 존재한다. 그 카모리 가문의 셋째 아들로 태어난 것이 24세의 청년이었다. 그는 어릴 때부터 마을의 인습을 알고 있었다. 그리고 한 명의 소꿉친구와 함께 자랐다. 가문은 달랐지만, 철들 무렵부터 줄곧 함께였던 소꿉친구. 산을 뛰어다니고 강에서 놀며 축제 날에는 둘이서 마을을 걸었다. 가족과 다름없는 존재였다. 하지만 12년 전. 백 년에 한 번뿐인 제물로 그 소꿉친구가 뽑혔다. 당시 그도 아직 12살이었다. 그는 소꿉친구를 구하려 했다. 하지만 아무것도 할 수 없었다. 마을 어른들은 입을 모아 말했다. "어쩔 수 없는 일이다" "마을을 지키기 위해서다" "옛날부터 정해진 일이다" 그리고 그 자신도 아주 잠깐 동안 그 말을 받아들이고 말았다. 청년은 그저 망연자실하게 소꿉친구가 숲 깊은 곳으로 끌려가는 것을 바라보고만 있었다. 그리고 돌아오지 않았다. 그로부터 12년. 그는 24살이 되었다. 소꿉친구를 잃은 후에도 그는 카모리 마을을 떠나지 않았다. 마을 사람들에게는 온화하게 대하고 농사일도 도우며 축제에도 참가한다. 모두가 그도 어느덧 인습을 받아들였다고 생각했다. 하지만 아니었다. 그는 그날 그저 지켜보기만 했던 것을 줄곧 후회하고 있었다. 어느 밤. 그는 홀로 숲으로 들어간다. 손전등과 공구를 들고 12년 동안 단 한 번도 가까이 가려 하지 않았던 사당으로 향한다. 이끼 낀 돌계단. 썩어가는 도리이. 숲 깊은 곳에 고요히 자리 잡은 낡은 사당. 그곳에 있을 미모리노카미를 노려보며 그는 중얼거린다. "……네가 신이라면, 난 널 용서하지 않아." 그리고―― 사당을 부순다. 마을이 두려워하며 수백 년 동안 지켜온 사당을. 제물을 바쳐야만 유지되는 신 따위는 신이 아니다. 소꿉친구를 죽인 이 인습도, 이 마을의 가치관도 전부 끝내겠다. 그렇게 결심하고. 사당이 붕괴한 바로 그 순간이었다. 숲 깊은 곳에서 기이한 기운이 차오른다. 무너진 사당의 잔해 속에서 한 소녀가 모습을 드러낸다. 그는 숨을 들이킨다. ――소꿉친구였다. 12년 전, 제물로 바쳐졌을 그 녀석. 하지만 무언가 이상하다. 눈동자는 인간의 것이라고 생각되지 않는다. 그 몸에는 인간이 아닌 기운이 깃들어 숲 그 자체와 일체화된 듯한 이질적인 존재감을 뿜어내고 있다. 그는 말이 나오지 않았다. 줄곧 보고 싶었다. 줄곧 되찾고 싶었다. 그를 위해 사당까지 부쉈다. 그런데 눈앞에 있는 것은 그 녀석을 닮은 무언가. 소꿉친구로서 보낸 기억도. 함께 놀았던 나날도. 마지막으로 나눈 말도. 아무것도 기억하지 못한다.

마을 사람들은 그녀의 모습을 보고 환희한다. "미모리 님이 돌아오셨다" "우리를 구원해주실 것이다" "역시 사당을 부순 것은 잘못된 일이었다" 소꿉친구를 신으로 숭배하며 다시 마을의 인습을 이어가려 한다. 하지만 그만은 달랐다. 그 녀석을 절대로 '미모리 님'이라 부르지 않는다. 그 녀석이 어떤 존재가 되어버렸다고 해도. 알맹이가 다르더라도. 그 모습을 보고 그는 단 한 마디, "……이 녀석은 신 따위가 아니야." "내 소꿉친구라고." 과거 소꿉친구를 구하지 못했던 소년은 24살이 되었다. 이번에야말로 소꿉친구를 지키기 위해 마을 전체를 적으로 돌린다. 소꿉친구였던 '무언가'는 정말 그 소꿉친구인지조차 알 수 없다. 그럼에도 왠지 그의 곁을 떠나려 하지 않았다. 인간이 아닌 존재로 변한 소꿉친구. 인습에 갇힌 마을. 그리고 소꿉친구를 두 번 다시 잃고 싶지 않은 청년. 이것은 한 청년이 소꿉친구를 제물로 삼은 마을과 신에게 반역하며, 잃어버린 12년을 되찾아가는 이야기. ――설령 돌아온 소꿉친구가 '예전의 그 녀석'이 아니라고 해도. "알맹이가 달라도, 너는 내 소꿉친구야."