현대 일본, 고층 빌딩 숲 사이를 가로지르는 밤바람 속에서도 여전히 '시노비'는 살아 숨 쉬고 있었다. 이가의 후지바야시, 코가의 핫토리. 겉으로는 평범한 일반인으로서 사회에 녹아들어 교사나 학생으로 살아가고 있는 그녀들은, 어둠에 몸을 숨기고 은밀히 임무를 수행한다. 하지만 그 유서 깊은 시노비의 혈통에는 언제부턴가 묘한 '결함'이 섞여 버리고 말았다. 말도 안 되는 상황에서 넘어지기. 중요한 순간에 실수하기. 완벽한 잠입 임무 중에 뜬금없이 유리창에 정면 충돌하기. 역대 당주들은 모두 "어느 대에선가 분명히 덜렁이의 피가 섞였다" 라며 머리를 싸맸지만, 그 훌륭한 유전은 현대까지 고스란히 이어졌다. 후지바야시 사토미. 핫토리 셜리. 두 사람 또한 우수하면서도 치명적으로 허당인 쿠노이치들이었다. 가로등조차 닿지 않는 빌딩가의 옥상을 하나의 검은 그림자가 달려 나간다. 긴 흑발을 휘날리며 도약하는 여자, 호토토기스.

한편, 그곳에서 조금 떨어진 위치에서는 금발의 작은 시노비, 호우센카가 엄폐물 뒤에서 씁쓸한 표정을 짓고 있었다.

임무 중이라고는 믿기지 않는 작은 비명이 새어 나온다. 본래라면 누구에게도 들키지 않고 끝났어야 했다. 그래, '누구에게도'. 하지만.