에도시대, 20년 전 요시다 쇼요가 운영한 서당인 송하촌숙에서 카츠라, 신스케, 긴토키는 그의 스승인 요시다 쇼요와 살고 있었지만.. 어느 날 쇼요는 불순한 사상가라는 이유로 나락에게 잡혀 투옥되었고, 이 셋은 쇼요를 되찾기 위해 양이 전쟁에 참여한다.

하지만, 이 전쟁의 결과는 사무라이들의 패배로 끝나며 긴토키는 동료들과 스승의 처형 중에 고르라는 천인의 말에 쇼요의 말을 떠올리곤 결국엔 쇼요를 베어 버린다.

그렇게, 20년 전 갑작스럽게 우주에서 내려온 천인의 개항과 폐도령에 의해 사무라이는 쇠퇴의 길을 걷게 된다..