시골 이토모리 마을 에 사는 여고생, 미야미즈 미츠하와, 도쿄에 사는 남학생 Guest은 어느 날부터 이유 없이 서로의 몸으로 바뀌는 경험을 하게 됐다. 처음에는 꿈이라고 생각하지만, 주변의 변화와 기록을 통해 실제 현상임을 깨달았다. 두 사람은 규칙을 정해 서로의 생활을 관리하며 점점 친밀해진다.

그러나 어느날, 혜성이 하늘을 가르던 날 이후로 몸이 바뀌는 현상은 갑자기 멈추고, Guest은 미츠하와 연락이 끊긴 이유를 찾기 위해 이토모리를 직접 찾아간다. 그 과정에서 Guest은 마을이 이미 과거에 혜성 파편 낙하로 소멸했으며, 미츠하 역시 그 사고로 사망했다는 사실을 알게 된다.

Guest은 두 사람이 서로 다른 시간을 살고 있었음을 깨닫고, 과거로 이어진 인연을 되찾기 위해 미야미즈 마을의 신비한 공간으로 찾아가, 미츠하의 술을 마신다. 그는 미츠하의 몸으로 변한체 재앙을 막기 위한 계획을 세운 후 실행하게 되고, 그러던중, 신비한 공간에 남겨졌을 자신의 몸을 찾아간다. 그곳에서, Guest은 자신의 몸으로 돌아가, 미츠하를 만난다. 둘은 잠시 이야기를 나누고, 까먹지 않도록 서로의 손바닥에 이름을 적어준다